科研工作台 58catmiao/dsh-sciwork

dsh-sciwork · DSH 科研模式

给 DSH（DeepSeek Harness）装上一整套「做科研」的工作台：一个叫科研模式的智能体预设，加上一个本机的实体科研库。

版本 0.3.14 · MIT · 作者 58catmiao · 仓库 <https://github.com/58catmiao/dsh-sciwork>

English: README.en.md

这是什么

dsh-sciwork 不是一个「帮你查文献」的对话框，而是一套落在你硬盘上、可被别的工具打开的科研工作台。装上它，你会同时得到四样东西：

1. 一个智能体预设「科研模式」——它把绘图、写作、文献、期刊规范四条线收进同一个工作流：先找证据，再动手；出图走 Origin 真机，稿子里引用的每一条文献都必须带 DOI 或 URL。
2. 一个本机实体科研库——一棵普通目录（课题 / 图表 / 数据 / 草稿 / 文献 / 期刊档案 / 投稿），配套一个 Python 引擎 research.py 和一个登记索引。
3. 12 份期刊投稿档案——Nature、Science、Cell、IEEE Trans、ACS、Elsevier 通用、MDPI、PLOS ONE、中文核心、CNKI 学位论文、GB/T 7714、通用学位论文，各自的数值要求、条款与出处摘要。
4. 一个「科研库」可视面板 + 一组技能——默认是工作台，旧面板七个页签一键可回，只读为主、能筛能导入能归档；技能负责把「该怎么画、该怎么写、该怎么引」固化成纪律。

权威来源永远是文件系统。 索引只是缓存，面板的写入永远走库脚本，不直接改索引。所以科研库随时可以整目录打包带迁移，也可以直接用资源管理器、Git、别的编辑器去碰。

- 宿主半边是纯 Node ESM，零 npm 依赖。
- 客户端是手写的单文件 Web 客户端，没有构建步骤。
- 出图能力依赖上游开源插件 dsh-origin-plugin（MIT，作者 Fantasality）。本仓库不包含它，只带适配技能。详见〈与 dsh-origin-plugin 的关系〉。

0.3 有什么不同

- 一条能力清单：动作登记表驱动面板、智能体工具与命令行三个入口，新能力只写一份。
- 写动作要确认：先计划（会写哪些文件、有什么 warning），再确认（一次性令牌），最后留回执；读动作不写库。
- 课题是一等公民：七阶段机 + 产物 sha256；旧库课题第一次写之前会提示迁移（先备份、幂等、可回滚）。
- 工作台默认：默认进「工作台」（v2），页头右上角一个按钮可切回旧「列表面板」（v1），选择会被记住，切换时不再丢页签。工作台按「页头（标题 + 统计 + 中文主入口）→ 指标条（课题 / 图 / 文献 / 在投）→ 跨课题待办表格 → 概览仪表 → 课题两栏」排布；仪表有今日该做、投稿倒计时、库体检、最近动态、备份，待办行可一键复制「生成指令」；页头「快速登记」按命令清单生成中文表单（文献入库 / 登记图溯源 / 记一条投稿），提交仍走「计划 → 确认 → 回执」。
- 七阶段可点选：课题详情里的阶段条改成按钮，点任一阶段即走 project.stage.set（跳阶段自动带 force，回退会把后续阶段重置为待办）。
- 面板自带配色与字体：「石墨蓝」色板 12 个 --rl- 变量（明暗两套，light-dark()），不引用宿主颜色 token，正文/次级/主色对比度 ≥ 4.5:1；字体 Noto Sans SC（回退微软雅黑 / system-ui），数字等宽对齐；表格关键列着色加粗。
- 图表页能看见真实出图目录：_ 前缀的出图文件夹（如 figures/_ZT-1100-2h_v4/）不再被当成内部目录过滤；只排除 _history / _archive / _templates / _fetched 这类明确的内部目录。

安装

三条通道，装的是同一个东西；按你手边的界面选一条。

| 通道 | 怎么装 | 说明 |
| 官方插件页（侧栏「插件」→ 添加插件） | 填 github:58catmiao/dsh-sciwork | 也可以填 ZIP 解压后的绝对路径；装完点「立即启用」 |
| 终端 | dsh plugin --profile <profile> add github:58catmiao/dsh-sciwork | dsh plugin 把参数转给 profile 里的 pnpm 执行 |
| 插件市场（「插件 → 发现」） | 先加索引 URL（见通道 3），再从「发现」页装 | 市场只读你给的索引，不自动抓 GitHub |

通道 1：官方插件页

侧栏「插件」→ 添加插件，输入框里填：

github:58catmiao/dsh-sciwork

装完对话框给一个「立即启用」；新组合包默认启用。重启 Harness 面板才出现。

通道 2：终端

dsh plugin --profile <profile> add github:58catmiao/dsh-sciwork
为什么带 github: 前缀：这个包没有发布到 npm 仓库，直接写 add dsh-sciwork 会让包管理器去 npm 找、回一个 404（或“npm 找不到这个包”）。github:58catmiao/dsh-sciwork 是从 GitHub 装，装完 profile 里会多一条 "dsh-sciwork": "github:58catmiao/dsh-sciwork"。

装完重启 Harness。

通道 3：插件市场（加索引）

DSH 的市场（插件 → 发现）不抓 GitHub、也不猜仓库名：它只读你手动填进去的索引 URL。本仓库自带一份索引（market/plugins.json，git 源、钉死到发布 commit），把这条 URL 加进市场索引即可：

https://raw.githubusercontent.com/58catmiao/dsh-sciwork/main/market/plugins.json

前提：这个市场由可选组合包 @deepseek-ai/dsh-experimental-plugin-market-bundle 提供；本机没装的话「发现」页不会出现，那就走通道 1 / 2（等价）。

第三方市场 dshmarket 用的是它自己的精选目录，读不到这份索引；想在它里面装得等它收录，或者直接走通道 1 / 2。

索引在每次发版后由 node scripts/make-market-index.mjs --commit v<版本> 重写（把版本钉到该 tag 的 commit），所以市场装到的版本是确定、可复现的。node scripts/test-install.mjs 会核对这份索引的 format 与 commit。

没有 npm / pnpm，或者上面那条命令报 npm 找不到

dsh plugin 是把参数转给 profile 里的包管理器（PNPM）执行的，所以它要求本机能跑 pnpm——有些机器上 DSH 的运行时里没有带，就会报“npm/pnpm 找不到”。这种情况不需要任何包管理器，两条退路：

退路 A（推荐）：解压 ZIP + 一句话接线

1. 在 GitHub 页面点 Code → Download ZIP，解压到一个固定目录（例如 D:/apps/dsh-sciwork）；
2. 在该目录里跑：

node scripts/install-plugin.mjs --profile <profile> --source .

它会做三件事：给 profile 的 package.json 加依赖行（link: 到该目录）、把 <profile>/node_modules/dsh-sciwork 链接过去、把 dsh-sciwork 加进 dsh.profile.bundles；改之前自动备份 package.json.bak-<时间戳>。加 --dry-run 可以先看会改什么。

（插件页的「添加插件」也能直接填这个解压目录的绝对路径，效果相同。）

退路 B：有 git 但没包管理器

git clone https://github.com/58catmiao/dsh-sciwork.git
cd dsh-sciwork
node scripts/install-plugin.mjs --profile <profile> --source .

装完同样要重启 Harness；验证方式是 dsh --profile <profile> --dump-config | grep -c dsh-sciwork（应大于 0）。

装完没变化 / 面板报错怎么查

| 现象 | 先查什么 |
| 命令回 404 或“找不到这个包” | 安装源写了吗？要写 github:58catmiao/dsh-sciwork（npm 上没有这个包） |
| 报 npm / pnpm 找不到 | 走上文的「退路 A」，不依赖包管理器 |
| 重启后面板还是旧的 | 面板是客户端 bundle：关掉 Harness 再打开，只刷新页面不算 |
| 面板里点「检查更新」说不是 git 工作树 | 这份安装是拷贝/链接到 ZIP 目录的，不是 git 仓库；更新要重新解压 ZIP 再跑一遍 install-plugin.mjs（从市场装的也是拷贝，同理） |
| 装了但侧栏没有「科研库」 | dsh --profile <profile> --dump-config 看有没有 name: dsh-sciwork 这一段；没有就是 bundle 没进 dsh.profile.bundles |
| 市场「发现」页里搜不到本插件 | 索引 URL 加了吗（见通道 3）；市场组合包装了吗 |
| 技能没出现 | 0.3.13 起随包注册；若 ~/.dsh/skills/<名字>/SKILL.md 已存在，插件会跳过（有意为之：删掉旧目录重启即可换成包内版本） |

装完后你会多出：

- 一个 ID 为 research 的智能体预设「科研模式」（可直接在会话里选）——科研只有一个模式：课题的七阶段（选题 → 设计 → 数据 → 分析 → 成图 → 写作 → 投稿）都在这个模式里推进，阶段只是课题 project.json 里的一个字段，不再单设阶段预设；
- 侧栏多一个面板入口「科研库」（默认进工作台，页头报插件版本、可点「检查更新」）；
- 一条精确注册的只读路由 /api/research/call（面板靠它取快照与执行动作）；
- 六个技能：research-studio 总控、research-stages 七阶段路线、origin-plot、paper-writing、 literature-refs、journal-profile。0.3.13 起由插件激活时注册（runtime 技能），不必再手动跑 scripts/install.mjs；你自己往 ~/.dsh/skills 装过同名的，插件会跳过、不覆盖。

前置：本机有 Node（宿主半边与自检脚本用它）与一个可用的 Python 3 解释器（科研库引擎 research.py 用它）。不要求 python 出现在 PATH 上——启动器会按「显式配置 → SCIWORK_PYTHON → 库自己的 venv → Origin 插件目录的 venv → PATH」逐个探测。出图另需 Origin，见下文。

快速开始

1. 建库

先预检：不写任何文件，只报告缺什么
node scripts/install.mjs --verify-only

预检通过后建库
node scripts/install.mjs

安装脚本会建出库根目录、.research/ 引擎与索引、journals/ 期刊档案、refs/ 文献库。库根默认是 <用户目录>/Research（Windows 即 %USERPROFILE%\Research），可用环境变量 SCIWORK_LIBRARY 改。

安装脚本的可用开关：

| 开关 | 说明 |
| --verify-only | 只检查，不写任何文件。 |
| --library-root <dir> | 指定库根，覆盖配置里的 libraryRoot。 |
| --skip-library | 不铺科研库骨架（只装插件半边）。 |
| --force-skills | 目标已存在且没有 SKILL.md 时也覆盖安装技能目录。 |

库根解析顺序：--library-root / 环境变量 SCIWORK_LIBRARY（旧名 RESEARCH_LIBRARY 兼容）→ 内核 library/config.json 的 libraryRoot → <用户目录>/Research。注意库内已有的 .research/config.json 里的 libraryRoot 也会覆盖环境变量——面板与引擎优先听库自己的配置。

2. 打开面板

在 DSH 侧栏点「科研库」。默认进工作台：页头右上角写着当前库根与实时计数（课题 / 图 / 草稿 / 数据 / 文献 / 期刊档案 / 投稿 / 索引时间），下面是待办与概览；点右上角按钮可切到列表面板的七个页签。

3. 让智能体建课题

在会话里选「科研模式」预设，然后直接说：

建一个课题，叫 zt-ceremic，研究 ZrB₂-SiC 陶瓷的氧化行为。

智能体会走 research.py new-project 落目录，之后它画的每一张图、写的每一段结果，都会各自归位到该课题的 figures/、origin/、data/、drafts/ 下。你也可以在面板里点「新建课题」自己建。

4. 出图

面板自己不出图（2026-10-13 起移除）。要出图，直接跟智能体说：

把 projects/zt-ceremic/data/ 里那组 XRD 数据画成对比图，按 MDPI 的排版要求。

智能体会走 Origin 真机绘图、核验、导出，并把图的溯源信息登记回库。

面板：工作台与七个页签

侧栏「科研库」。默认是工作台（v2），页头右上角可切到列表面板（v1）。列表面板有七个页签（图表 / 草稿 / 文献 / 数据 / 期刊档案 / 投稿 / 归档），另有顶部的计数行与「命令台」弹层（两者都不是页签）：

工作台（v2）一屏看全库：页头（标题 + 统计 + 快速登记 / 新建课题 / 导入数据 / 检查更新 / 刷新）、指标条（课题 / 图 / 文献 / 在投）、跨课题待办表、概览（今日该做 / 投稿倒计时 / 库体检 / 最近动态 / 备份）、课题两栏。页签行右侧的搜索框在 v2 里筛的是课题与待办：课题列表、跨课题待办、今日该做、库体检、最近动态一起过滤，顶部给命中数与「清空筛选」，空结果按种类给明确空状态（指标条始终按全库算，不随筛选变）。选中课题后，详情里还有一条本课题产物速览（图 / 草稿 / 数据 / 表 / 工程 / 文献 / 在投）：数字是该课题已登记的产物数与相关文献、在投记录；点数字跳到列表页签并自动带上这个课题当筛选词，只留它的条目（数量为 0 的按钮置灰）。页头还报出插件当前版本：首屏只读本地 package.json，点「检查更新」才去 GitHub 比对，有新版本时旁边给「更新到 vX.Y.Z」——更新做到 git pull --ff-only，只对干净的 git 工作树生效，完成后提示重启 Harness。

| 页签 | 看什么 | 能做什么 |
| 计数行（面板顶部，不是页签） | 库根路径、课题/图/草稿/数据/文献/期刊档案/投稿七项实时计数、索引时间、采集警告 | 点「刷新」重取快照；点「引导」走一遍带高亮的界面导览 |
| 图表 | 已登记的图，含每条图的登记溯源（数据源、脚本、生成时间）；按课题分组 | 看图、看 PDF 附带件、复制路径、归档、删除 |
| 草稿 | drafts/ 下的 Markdown 手稿 | 就地读；新建草稿；编辑保存；归档；删除 |
| 文献 | refs/refs.json 里的条目与 refs/pdf/ 下的本地 PDF 附件 | 导入（必须带 DOI 或 URL 才登记，PDF 可选）、看 PDF、归档、删除 |
| 数据 | data/ 下的数据文件（.txt/.csv/.dat 等）与按课题分组的分组头 | 预览行列、数据变换（6 个算子）、归档、删除 |
| 期刊档案 | 12 份档案的 id、严格度（high / medium / low）与更新日期 | 读条款与数值要求；筛选；归档 |
| 投稿 | submissions/ 下的投稿记录（目标刊、状态、时间线） | 读记录；筛选；归档；投稿闸门：选期刊 → 合规体检 → 导出投稿包 |
| 归档 | .research/archive/<时间戳>/ 里的批次清单 + 真删记录 | 整批 / 单文件「恢复」搬回原位；真删记录只留名字 |
| 命令台（弹层，不是页签） | research.py 的子命令清单与参数表单 | 选命令 → 填参 → 执行 → 看 stdout / stderr / JSON 结果 |

数据变换的 6 个算子：normalize（归一化）、baseline（扣基线）、smooth（平滑）、peaks（找峰）、integrate（积分）、linear（线性变换）。每次变换都会在新表旁落一份溯源记录（.research/transforms/<课题>/<表名>.json），并把产物写进课题的 tables/。
投稿闸门（0.2 新增）：在「投稿」页签选一个课题与期刊档案，点「体检」得到逐条结论——图宽是否够单/双栏、分辨率够不够、格式该不该矢量、图注有没有、标题与摘要字数、参考文献与 DOI 覆盖、草稿里的引用键是否都在库里。每条标 pass / warn / fail / na，并写明依据（source）与置信度；档案没写的项一律 na，不拿默认值冒充期刊要求。点「导出投稿包」把稿件、图、数据、refs.bib 收进一个 zip（含逐文件 sha256 的 manifest 与 checklist），路径落在 submissions/packages/。体检结果与期刊档案一样，最终以刊方现行要求为准。

面板的边界，一句话说清：能看、能筛、能导入、能归档、能删、能对表格做数据变换、能做投稿前体检和打包；不出图。所有写入都经库脚本落文件并登记，面板自身不碰登记索引。

配置

配置有两层，库内 <库根>/.research/config.json 是权威；环境变量用来告诉 DSH 去哪找库、用哪个 Python。

| 环境变量 | 默认值 | 说明 |
| SCIWORK_LIBRARY | <用户目录>/Research | 科研库根目录。改这里等于换库。 |
| RESEARCH_LIBRARY | 未设置 | 旧名，兼容保留；SCIWORK_LIBRARY 优先。 |
| SCIWORK_PYTHON | 依平台探测 | 跑 research.py 用的 Python 解释器。推荐显式指向 venv 里的 python。 |
| SCIWORK_ORIGIN_PLUGIN | 未设置 | dsh-origin-plugin 所在目录，供适配技能定位它。 |

库内权威配置：

| 路径 | 说明 |
| <库根>/.research/config.json | 权威配置：库根、语言、期刊档案严格度偏好、索引设置等。 |
| <库根>/.research/index.json | 登记索引（只是缓存，可由 research.py reindex 从文件系统重建）。 |
| <库根>/.research/archive/ | 归档区。面板上的「归档」是移动到此处，可恢复。 |
| <库根>/.research/lock | 库写锁，防止并发写入互相踩。 |

目录结构

<库根>/ # 默认 <用户目录>/Research，可用 SCIWORK_LIBRARY 改 ├── projects/ │ └── <课题>/ │ ├── figures/ # 成图（导出的 png / svg / pdf / tif） │ ├── origin/ # Origin 工程文件（.opju），可在 Origin 里继续编辑 │ ├── data/ # 原始数据 │ ├── tables/ # 由数据变换派生的表 │ └── drafts/ # 该课题的手稿片段 ├── refs/ │ ├── refs.json # 文献条目（必须带 DOI 或 URL） │ └── pdf/ # 本地 PDF 附件（可选） ├── journals/ # 期刊投稿档案 ├── submissions/ # 投稿记录与时间线 └── .research/ # 引擎与元数据 ├── research.py # 库操作的唯一权威入口 ├── config.json # 权威配置 ├── index.json # 登记索引（缓存，可重建） ├── archive/ # 归档区（可恢复） ├── transforms/<课题>/ # 数据变换的溯源记录 └── lock # 写锁

登记（加文献、登记出图溯源、重建索引）永远由 research.py 做，面板不代劳。常用子命令：new-project、add-ref、register-figure、add-submission、reindex。

科研库的权威入口：research.py

库的一切结构化写入都由它完成（面板的「命令台」弹层就是它的可视化前端）。

读：

| 子命令 | 说明 |
| status | 库概况：课题数、文献数、已登记图数、期刊档案数。 |
| search <关键词> | 跨课题检索（课题 / 图 / 稿 / 数据 / 文献 / 期刊 / 投稿），可加 --kind、--project、--limit。 |
| list-projects / list-figures / list-refs / list-submissions | 分别列课题、已登记图、文献、投稿记录，各自支持筛选参数。 |
| check-citations --draft <路径> | 引用核查闸门：非零退出即代表稿子里有缺失或未核实的引用。加 --require-doi 要求每条都必须有 DOI。 |
| check-journal --project <slug> [--journal <id>] | 期刊合规体检：按期刊档案逐条比对图件尺寸/分辨率/格式、图注、标题与摘要字数、参考文献与 DOI、引用键；每条 pass/warn/fail/na，有 fail 时退出码 1。 |

写：

| 子命令 | 说明 |
| init | 建 / 修复库骨架（幂等）。 |
| new-project <slug> | 新建课题，可带 --title、--journal。 |
| add-ref | 文献入库。必须带 DOI 或 URL（引用零编造）；--verified-by 记录核实方式。 |
| register-figure | 登记一张图的溯源侧车：源数据、Origin 图页、所用期刊档案、图注。 |
| add-submission / update-submission | 登记一次投稿 / 推进投稿状态与事件时间线。 |
| export-package --project <slug> [--journal <id>] | 投稿包：稿件 + 图 + 数据 + refs.bib 打 zip 到 submissions/packages/，附逐文件 sha256 的 manifest.json 与 checklist.md。 |
| reindex / export-bib | 重建库索引（递归子目录、收录正文）/ 重建 refs.bib。 |

不可逆：remove-ref 删掉一条文献登记（会先备份 refs.json）。

Windows 上库内附了一个 Python 包装器 .research/bin/py.cmd，它会按库配置挑解释器；agent 文档里给的调用示例走的就是它。想自己指定解释器，用环境变量 SCIWORK_PYTHON。

期刊档案一览

| 档案 id | 是什么 | 严格度 |
| nature | Nature 系列 | high |
| science | Science 系列 | medium |
| cell | Cell 系列 | medium |
| ieee-trans | IEEE Transactions | medium |
| acs | ACS 系列 | medium |
| elsevier-generic | Elsevier 通用 | medium |
| mdpi | MDPI 系列 | high |
| plos-one | PLOS ONE | high |
| chinese-core-journal | 中文核心期刊 | medium |
| cnki-thesis | CNKI 学位论文 | low |
| gbt-7714 | GB/T 7714 参考文献格式规范 | low |
| thesis-generic | 通用学位论文 | medium |

严格度影响默认排版与校验口径；每份档案里还有具体数值与出处摘要。回看哪份档案、怎么用，见技能 journal-profile。

技能

| 技能 | 管什么 |
| research-studio | 总入口。路由表 + 三条硬纪律 + 开工前 30 秒例行检查 + 交付前自检清单 + 如实报告（能证明什么、不能证明什么）。 |
| origin-plot | Origin 绘图纪律。数据进 Origin、四条画图路径、改图前先看现状、两个核验步骤都要做、导出交付与登记、绝不抢占用户正在使用的 Origin 会话，以及一份实测坑清单。内含 74 个 origin_ MCP 工具的用法。 |
| paper-writing | 动笔前的证据纪律、图注、Results、Discussion 结构与框架、中→英与润色、回复审稿意见（Response Letter）、交稿前自检。 |
| literature-refs | 四条硬规则、入库、检索（先有证据再入库）、稿子里怎么引用、列出与导出、与写作技能配合、常见坑。 |
| journal-profile | 期刊档案怎么读、怎么用。档案字段、给绘图/写作供参数、选刊（用户问"投哪本"）、新建或更新档案、与库脚本配合、冲突与变更。 |

技能是纪律文本，不是代码：它们约束 agent 的行为，不额外引入依赖。

与 dsh-origin-plugin 的关系

- 出图能力来自 dsh-origin-plugin（MIT，作者 Fantasality），它提供 74 个 origin_* MCP 工具，负责与本机 Origin 通信。
- 本仓库不包含 dsh-origin-plugin，也不复制它的代码；dsh-sciwork 只带一份适配技能 skills/origin-plot，教 agent 按科研交付的要求去用那 74 个工具。
- skills/origin-plot/references/origin-tools.json 是派生文件：由 dsh-origin-plugin 的工具清单生成，用于离线查表（工具名 / 参数 / 用途）。
- 两者可以独立安装。不装 Origin 与 dsh-origin-plugin，dsh-sciwork 的建库、面板、写作、文献、期刊档案部分照常可用，只是「出图」这一步走不通。
- 环境变量 SCIWORK_ORIGIN_PLUGIN 用来告诉适配技能：dsh-origin-plugin 装在哪。

自检

仓库自带四个自检脚本与一个补丁预检，都不写你的正式库（写动作在隔离副本里跑，并有一道硬闸门）。前四个只要 Node；补丁预检是 Python 写的，需要一个非标准库的依赖 PyYAML：

node scripts/selftest-host.mjs # 宿主半边：路由注册、路径守卫、快照形状
node scripts/selftest-actions.mjs # 23 个动作：读/守卫检查 + 隔离副本里的写动作
node scripts/selftest-client.mjs # 客户端：七个页签的渲染、弹层、按钮与请求形状
node scripts/test-install.mjs # 安装面：随包技能、市场索引、包清单、apply 接线
python -m pip install pyyaml # 只给下一步用（CI 里有独立的 Install PyYAML 步骤）
python scripts/validate-patch.py # cordis.patch.yml 预检：预设行数、persona、插入行

想一条命令跑完全部（两周一轮的周期自检就是这么跑的），用 node scripts/cycle.mjs：它把上面这些按 CI 的顺序跑一遍，附一段只读的 git 状态，输出汇总表与退出码，并把完整报告落到 out/cycle/<日期>/（out/ 已 gitignore）。
推送到公开仓库前还有一道门禁：node scripts/check-local-info.mjs（cycle.mjs 也会跑它）。它拿这台机器的家目录、用户名、主机名、临时目录、库根等标记，去扫全部跟踪文件与全部提交信息。命中就说明仓库里带了本机信息——换成 <仓库根> / <库根> / <系统临时目录> 这类占位符再提交。

自检分两种跑法，新克隆的仓库不配库也能跑：

A. 不指向任何科研库（CI / 刚克隆的机器）

node scripts/selftest-host.mjs # 全部通过，退出码 0
node scripts/selftest-actions.mjs # 全部通过 · 0 失败 · 内容类检查自动跳过
node scripts/selftest-client.mjs # 全部通过 · 0 失败 · 内容类检查自动跳过
python scripts/validate-patch.py # ✓ 补丁预检通过

此时所有内容类检查（依赖库里真有草稿 / 图 / 数据表的部分）自动记为 SKIP 或「未运行」，脚本会打印一行说明（未运行：内容类检查需要一个可用的科研库（当前库根 …））并以退出码 0 结束——不配库不算失败。

B. 指向一个真库（数字随库内容浮动，下面是夹具库实测）

SCIWORK_LIBRARY=/path/to/Research node scripts/selftest-actions.mjs # 127 通过 · 0 失败 · 3 跳过
SCIWORK_LIBRARY=/path/to/Research node scripts/selftest-client.mjs # 230 通过 · 0 失败

- selftest-host.mjs —— 只统计通过/失败，退出码 0。唯一可能被记为「跳过」的是「图文件还在」这类依赖真实库里确实有图的检查（没有图时不判失败）。
- selftest-client.mjs —— 汇总行只有通过/失败两项；B 模式下实测 230 通过 · 0 失败，退出码 0。
- validate-patch.py —— 输出 ✓ 补丁预检通过，退出码 0。它会报预设 preset-research 的顶层行数（19 条，递归后叶子 29 条，其中 2 条按 !!js 条件禁用）、嵌套组（planning / compaction / delegation）、persona 长度，以及确认插入的 research-library 行属于宿主插件而非 agent 预设。
- selftest-actions.mjs —— 写动作段要求库根指向脚本自己新建的隔离副本（用 SCIWORK_LIBRARY 指过去即可）。若它发现 snapshot 指向的不是那个副本，会打印 FAIL 隔离闸门：snapshot 指向副本 并以退出码 2 结束，同时一个字节都不写。这是设计行为，不是插件缺陷：写动作永远在副本里跑，绝不碰你的正式库。⚠️ 0.2.1 起 SCIWORK_LIBRARY 优先于随包的 library/config.json（此前次序反了，导致本机把库指向真库时这道闸门永远拿真库当副本、写动作整节被跳过）。

文档地图

| 文件 | 内容 |
| README.md / README.en.md | 这是什么、装什么、怎么用 |
| docs/INSTALL.md | 安装与首次建库（含排错） |
| docs/ARCHITECTURE.md | 工程结构与契约：宿主动作、HTTP 端点、面板边界、路径解析、自检口径 |
| docs/RELEASE.md | 维护者手册：发版、上架插件市场、截图、干净机器验证 |
| docs/CYCLE-14D.md | 维护者手册：14 天周期的 debug / 功能更新 / 同步 GitHub（cycle.mjs、护栏、候选功能池） |
| CHANGELOG.md | 版本变更 |
| THIRD_PARTY_NOTICES.md | 第三方组件与致谢 |

许可证与致谢

License: MIT，版权归 58catmiao。许可证原文见 LICENSE。

Credits / 致谢

- Origin 绘图能力来自 dsh-origin-plugin（MIT，作者 Fantasality）。本仓库不包含它；skills/origin-plot/references/origin-tools.json 派生自它的工具清单，用于离线查表。感谢作者把这套本机 Origin 自动化开源出来。
- DSH（DeepSeek Harness） 提供了插件机制、agent 预设与工具路由，本插件是其上的扩展。
- 期刊档案是本项目自己整理的数值、条款与出处摘要，不是期刊官方文件。

关于内容版权

本仓库不包含任何受版权保护的论文原文或期刊 PDF。

- journals/ 下的 12 份期刊档案，内容是投稿要求的数值、条款与出处摘要（例如字数上限、图表要求、参考文献格式），每条尽量标注出处；遇到具体条款请以期刊官网的最新作者指南为准。
- refs/ 里登记的是你自己的文献元数据（标题、DOI、URL 等）与你自己放进 refs/pdf/ 的附件，仓库不预置任何文献全文。
- 期刊档案是辅助，不构成法律或投稿建议；因以档案替代官方指南而产生的后果，由使用者自负。

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