生物医学研究工具链 ZhuYanTech/dsh-biomni

dsh-biomni

把生物医学研究能力接进 DeepSeek Harness。

一个持久的 Python 解释器，Biomni 的 218 个研究函数、 76 个数据集的数据湖、113 个生信工具 —— 以 skill 的形式交给你的 agent，而且只承诺这台机器真的做得到的事。

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它防的是哪种失败

给 agent 一套生物医学工具库，它会以一种特别难查的方式出错。

它调用 query_pubmed。函数是存在的，但依赖从没装上，于是抛异常。agent 不会报告这个落差——它会默默手搓一个自己的 PubMed 客户端，然后把结果当作那个被验证过的工具的输出交给你。让它去访问一个根本没下载的数据湖，同样的事会发生在文件路径上：先编一个看着合理的路径，再编一个看着合理的结论。

dsh-biomni 只有一条规矩：绝不宣传这台机器给不出的东西。 你的 agent 看到的一切——每个函数、每个数据集、每个命令行工具——都是先检查你的真实环境之后生成的。缺的东西要么不出现，要么被点名，连同它缺什么。

你的 agent 会拿到什么

| 🐍 一个记得住事的解释器 | 每个会话一个进程。import、DataFrame、拟合好的模型都能从这次调用活到下次，agent 因此可以分小步推进，而不是每次重发一整个脚本。闲置半小时的解释器会被回收以释放内存——并且会明确告诉 agent，而不是让它自己撞上 NameError。 |
| 🧬 21 个研究函数 skill | Biomni 的生物医学库，每个模块一个 skill，带真实签名——参数类型、默认值，以及每个参数到底是什么意思。按需加载，所以 218 个函数占约 1.6k token 常驻，而不是 26k。（需要装 Biomni） |
| 🗄️ 一个数据湖 skill | 这台机器上真的下载了的数据集，带确切路径、体积和许可标记。能用本地数据就别绕一圈去查网。 |
| 🔧 一个软件 skill | 这台机器上真的装了的生信包和 CLI 工具——让 agent 去调 samtools，而不是自己重写一个。 |
| 🔍 一份诚实的环境报告 | /biomni 命令和设置页，如实告诉你什么能用、什么不能、以及装哪个包能修好——连价格一起报，151 MB 只换一个函数的依赖不会被写得像免费的。 |
| 📤 产出出口 | run_python 返回的是文本，而且有上限——图画不出来，真实的表会被截断。解释器的命名空间里绑好了 BIOMNI_OUT 输出目录；写进去的文件会按名字和大小回报给模型，并能在设置 → Biomni 里直接看：图就地显示，CSV 显示成表格，文本显示开头——也可以整份下载。 |
| 🧪 数据湖浏览器 | 设置 → Biomni 列出全部 76 个数据集及体积，标出哪些在盘上，按需一个个取。非商用数据集需要显式确认。 |

它是一个普通的 out-of-tree 插件，不 fork、也不改 harness 源码。

安装

1. 装插件

dsh plugin --profile web add dsh-biomni

就这一步。CLI 会读本包的 dsh.bundle.patch 声明，把 dsh-biomni 追加进你 profile 的 bundles，不需要手改 profile 文件。

从源码装（开发用）

git clone https://github.com/ZhuYanTech/dsh-biomni && cd dsh-biomni
bash scripts/install.sh web

这条路打出的 tarball 里 lib/ 是预构建好的，pnpm 不需要为它跑任何构建脚本。

2. 建一个装了 Biomni 的 Python 环境

可选，而且值得知道为什么。 数据湖和软件目录立刻就能用 —— 它们读的是随插件发布的一份清单，再对着你这台机器逐项核对。只有那 21 个工具模块 skill 需要 Biomni 本体，因为那些是真的要 import 的 Python。

git clone https://github.com/ZhuYanTech/dsh-biomni && cd dsh-biomni
bash scripts/setup-env.sh

脚本在你装了 uv 时优先用它——同一份解析，11 秒对 pip 的几分钟——没有就回退到 pip。然后它会跑一遍探针，Biomni 真的能 import 才算成功。这一步才是关键：一个建在 Python 3.9 上的环境、或者某个 wheel 悄悄装失败的环境，在你第一次调用工具之前和正常的一模一样。
最后它把要粘贴的设置连同路径一起打印出来。

加 --extras 装下面那四个可选包；给一个目录参数可以建到 .venv 以外的地方。

手动装，或者用容器

curl -sLO https://raw.githubusercontent.com/ZhuYanTech/dsh-biomni/main/python/requirements-biomni.lock.txt
python3.11 -m venv .venv # 需要 3.11+，macOS 自带的是 3.9 .venv/bin/pip install -r requirements-biomni.lock.txt

如果你宁愿运维配一次、而不是每个人自己建 venv，仓库里的 Dockerfile 把解释器打成镜像。它的活动部件更多——插件的 python/ 目录要挂进去，python 设置要指向一个在容器里执行的包装脚本——文件里写清了怎么接。CI 每次推送都会构建这个镜像并在里面跑探针，所以"能构建"是被检查过的，不是我说的。

实测：77 个包，806 MB，Biomni 的 312 个函数里 279 个可调用。

Biomni 只声明了三个依赖，实际需要的远不止，所以 requirements-biomni.txt 是读它源码整理出来的真实清单，逐条标注了每个包解锁什么。旁边的 .lock.txt 把所有传递依赖的版本钉死，两个人隔一周装也能得到同一个解释器。

有四个包被移出了 core 档，放在 requirements-biomni-extras.txt，因为实测它们的代价远超收益：

| | 独占体积 | 买到 |
| rdkit | 151 MB | 1 个函数 |
| cobra | 147 MB | 2 个函数 |
| scholarly | 119 MB（要驱动一个真浏览器） | 1 个函数 |
| statsmodels | 68 MB | 2 个函数 |

加起来 494 MB 换 7 个函数。需要那七个就装，别的什么都不变。探针会连价格一起报出来，而不是把它们当免费的建议给你。

3. 指向那个解释器

启动 dsh --profile web，打开 设置 → Biomni，把 Python 解释器填成 /abs/path/to/.venv/bin/python。改动立即生效。

也可以直接写进 $DSH_HOME/settings.yaml：

biomni:
python: /abs/path/to/.venv/bin/python # 第 2 步建的 venv dataPath: /abs/path/to/data # 可选：存放 biomni_data/ 的那一层 timeoutMs: 600000 idleTimeoutMs: 1800000 # 闲置 30 分钟回收解释器；0 = 不回收 guardShellPython: true

4. 看看你实际拿到了什么

/biomni 这个解释器能跑什么，缺什么、装什么能补上 /biomni-datasets 盘上有哪些数据、还能取哪些、各多大 /biomni-out 这次工作产出了什么

哪些模块能导入、哪些函数能调用、哪些数据集在盘上、哪些工具装了——以及每一项缺失对应装哪个包能修好。
和设置页是同一组数字，因为两边读的是同一份分析。

可选：生物医学人格

插件本身给所有 agent 提供解释器和 skill。如果你想让某一个 agent 被框定成生物医学研究者——开场先加载 workflow skill、遇到缺包如实上报而不是绕过去——装上随包附带的 preset：

pnpm run install:preset

需要知道的几件事

「能导入」和「能调用」是两个数字。 一个 Biomni 模块可以干净导入，它的函数照样可能在调用时抛异常，因为有些依赖是在函数体里才 import 的。dsh-biomni 把这两个数分开报，绝不平均成一个分数——一个「可用度 82%」恰好会盖住那个导致「编造结果」的落差，而那正是这个项目要防的事。

数据湖按单个数据集取。 76 个加起来 15.1 GB，而单个文件从 4 KB 的 assay 表到 6.2 GB 的结合数据库都有 —— 几乎没人想要整套。/biomni-datasets 列出盘上有什么、还能取什么、每个多大； python/fetch.py 按名字取。一个都没下载就是没有数据湖 skill —— 确定的答案，不是失败。

部分数据集不许商用。 Biomni 提供了一个商用子集（76 里的 41 个）。一个数据集可以已下载、可读、但仍然受限，所以许可被当作独立的一件事追踪、在 skill 里点名，并且在它真正生效的那一刻拦住：取一个受限数据集需要显式确认。

一个闲置的解释器占 298 MB。 实测：装完常用那套（numpy / pandas / scipy / matplotlib / scikit-learn）之后一个进程常驻 298 MB，空解释器 74 MB，而且会一直占到会话结束。所以闲置超过 idleTimeoutMs 的解释器会被回收，下一次调用会明确告诉 agent 命名空间已经空了、以及为什么。
这句通知才是重点：一个悄悄清空的命名空间，和一个没被声明的缺失依赖是同一类失败，只是从另一头来的。

Python 归 run_python，不归 shell。 有一道守卫拦住 agent 通过 bash 摸到别的解释器——但用绝对路径写出你配置的那个解释器的调用会被放行，因为那条路到达的是对的库。samtools 这类 CLI 工具照常走 bash，只有 python 和 pip 受限。

底下是怎么回事

Biomni 用 ToolRetriever（基于向量嵌入的检索器）解决「200+ 个工具 schema 塞不进上下文」的问题。
DSH 的 skill 系统本身就是这个东西，而且形状更好：会话目录里每个 skill 只挂名字和一行描述，完整内容由模型通过 skill 工具按需加载。不需要嵌入、不需要相似度、不需要一个会选错的检索器——选择由模型自己的判断做出。

在本仓库工作的贡献者和 agent 请先读 AGENTS.md，那里写着一批容易破坏、又不容易发现的约束。

许可

本插件是 MIT。Biomni 是 Apache-2.0 —— 不是同一个许可，义务也不同，所以这条边界值得写清楚：本仓库不分发那个库。Biomni 由使用者自己装进自己的解释器，这里发的是通往它的桥。

唯一随包走的 Biomni 内容是 data/biomni-manifest.json，它从 Biomni 的 env_desc.py 捕获而来，好让数据湖和软件目录在装 Biomni 之前也能工作。它是 Apache-2.0 的内容，并且被修改过（重整了结构，另外补上了数据集体积）——这两件事都记在文件里。

数据湖里的各个数据集有各自的条款，并且与可用性分开追踪（见需要知道的几件事）。