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dsh-pdb

用于结合体的蛋白质设计 —— 一个由智能体驱动的蛋白质结合体设计工作流编排层。

注意：这里的 pdb 代表 Protein Design for Binder（用于结合体的蛋白质设计）—— 而不是 Protein Data Bank（蛋白质数据库）。

为什么

大多数蛋白质设计工具（RFdiffusion、ProteinMPNN、AlphaFold2、ESMFold、Rosetta……）功能强大，但仅限命令行、彼此割裂、难以串联。要运行一次完整的结合体设计任务，意味着要手动拼接十几个脚本、手工追踪中间文件，并在某个分支失败时重新规划 —— 而且对已经尝试过什么没有统一的视图。

dsh-pdb 将这些工具统一在一个智能体流水线之下。AI 智能体提出设计方案；你审查并完善它；流水线执行并回报结果 —— 每一步都以一张动态 DAG 的形式可视化呈现。

核心理念

机器规划，人类审查，图即对齐界面。

与 cryoSPARC 不同（人类编写工作流，机器执行，图是记录），dsh-pdb 反转了控制权：

1. 智能体提议 —— 智能体生成一个以 DAG 表示的执行计划（节点 = 步骤/策略，边 = 依赖/派生关系）。
2. 人类审查 —— 你以流程图形式查看计划，然后在任何内容运行之前批准、剪除或嫁接分支。
3. 流水线执行 —— 已批准的节点运行；状态实时回传（planned -> running -> success/failed）。
4. 失败时重新规划 —— 失败的分支会触发智能体回溯并提出替代方案，一切均可追溯到根节点。

这降低了规划门槛：你不需要预先知道最优工作流 —— 智能体提出一个，你来修正它。

功能（计划中）

- 智能体提出的设计方案 —— 从自然语言目标（“针对靶点 X 设计一个结合体”）生成 DAG
- 交互式方案审查 —— 可视化、批准/拒绝分支、在执行前编辑节点
- 多策略 DFS 探索 —— 并行设计策略，并自动回溯
- 统一工具封装 —— RFdiffusion / ProteinMPNN / AF2 / ESMFold / Rosetta 作为可插拔节点
- 完全可复现 —— 每个节点记录输入、参数以及追溯到根节点的来源信息
- 实时状态追踪 —— 实时节点状态及指标（ipTM、pLDDT 等）

后端工具许可证

dsh-pdb 封装现有的设计工具；它不重新分发它们的代码或权重。在打包或使用它们时，请遵守每个工具自己的许可证：

| 工具 | 许可证 | 备注 |
|------|---------|-------|
| RFdiffusion | BSD-3-Clause | 代码 + 权重均涵盖 |
| RFdiffusion2 | BSD-3-Clause | |
| ProteinMPNN | MIT | |
| LigandMPNN | MIT | |
| ESM / ESMFold | MIT | |
| ColabFold | MIT | |
| dl_binder_design | MIT | |
| AlphaFold2 | Apache-2.0（代码） | 权重：CC BY 4.0（可商用） |
| AlphaFold3 | Apache-2.0（代码） | 权重：非商用，需向 DeepMind 申请，不得再分发 |
| Rosetta | 学术免费 | 商业使用需要付费的 RosettaCommons 许可证 |

状态
早期开发中。计划评审界面的概念演示即将推出。

许可证

MIT — 参见 LICENSE。