生信分析内核 omicverse/dsh-omicos

OmicOS OSS

一个研究应用，构建在开源 Harness 之上：原生对话、智能体、审批与插件，外加持久化的 Python/R、数据、笔记本、图表、项目记忆、科学工作流，以及可选的 OmicOS 云订阅商店。

开发预览版（0.3.0）。 本分支实现了第一个科学与商业垂直切片，尚未提供 OmicOS Core 的全部能力。参见实现状态与完整迁移设计。OSS 后端不需要任何私有 Core 二进制文件；旧的 Core 适配器仍为可选启用。

运行 OmicOS 应用

主界面就是完整的 Harness 应用，重新换肤并组合为 OmicOS：窄功能栏、原生工作区/会话浏览器、中央对话区，以及可停靠的科学侧边标签页。数据、笔记本、图表、记忆、流水线、方法/证据、运行时和商店都在应用内打开。对话的 OmicOS 视图也直接包含这些项目工具，无需 iframe 或独立仪表盘。原生智能体、流式输出、模型选择、审批、设置与插件机制照常可用。部署默认是 OmicOS Scientist；用户在原生设置里选定的默认值优先。

使用 Node.js 24+（Harness 最低也接受 Node.js 22.19+）和 pnpm：

pnpm install --frozen-lockfile
pnpm build
pnpm start:app --workspace /absolute/path/to/research-project

该命令把锁定版本的已发布 Harness 引擎安装到隔离的 OmicOS 配置档，并在回环地址上打开它真正的根应用。默认主目录是 ~/.omicos-oss/application；可用 --home、--python、--rscript、--port、--locale en|zh 和 --no-open。首次安装引擎需要能访问 npm registry。模型通过原生设置配置；启动器不会合成密钥，也不会从环境复制模型/云凭据。OmicOS 云账号与订阅在商店里单独管理。

选定的目录是初始工作目录，不是对其他对话的全局覆盖：科学工具与停靠面板跟随每个原生会话的工作区。主要科学页面也提供各自的项目选择器。默认语言与 Scientist 选择由私有应用默认值包提供，层级低于原生用户配置档补丁。原生设置可以修改它们，并在重启后保留这些选择；--locale 设置部署默认值。生成的科学运行时覆盖层与用户配置档补丁、模型设置相互独立。独占配置档租约会在改动配置前拒绝重复启动；优雅关闭会释放租约。原生审批仍然管控智能体操作，数据读取绝不会启动分析或购买。

笔记本编辑内容会在原生导航期间临时保留在此浏览器标签页中。
恢复草稿是显式操作，不会执行草稿里的单元格；保存仍走服务端的版本校验。关闭浏览器标签页可能丢弃这份临时副本。
科学编辑器里的受跟踪编辑会在指针导航或关闭已编辑的停靠或浮动科学标签页之前提示，包括通过右键菜单关闭。取消则编辑器保持原样；接受则丢弃本地改动，但不会取消已提交的工作。多个有未保存改动的编辑器共用一个提醒。初始未改动的 Pipeline 示例不会提示。
这道防护不会把提案文本或 MCP 配置复制到浏览器存储；键盘或程序化导航仍受审计。

在紧凑窗口下，科学导航移到可滚动的底栏，原生会话/工作区侧栏仍然可用。主框架为底栏预留高度，包括底部安全区内边距，而不是把页面挤在两条垂直侧栏之间。

原生 macOS 开发预览

原生预览使用公开的 deepseek-ai/deepseek-harness 修订版 1f81c047fc48fa190a683e469daa699857e9afe8，不是包着 Web 预览的 BrowserWindow。
先在本包中运行 pnpm prepare:desktop-source --source /absolute/path/to/deepseek-harness。这一步会应用可审查的 MIT 原生产品衍生版。
在该检出目录中运行 pnpm install --frozen-lockfile、pnpm run build:artifacts、pnpm run build:check，以及 pnpm --filter @deepseek-ai/dsh-desktop exec install-electron，使用其锁定的 pnpm 11.28.5。
然后在本包中运行：

pnpm start:desktop-preview --source /absolute/path/to/deepseek-harness

启动器会把 Harness 主目录、Agents 和 Electron 用户数据隔离到 test-results/desktop-preview 下；--home、--python 和 --rscript 可覆盖这些默认值。
首次启动会准备并校验官方锁定的 Office 运行时。通过原生工作区控件配置工作区。Electron 管理的桌面配置档会拒绝普通的命令行插件编辑，所以请用它的 Plugins 页面，按顺序安装并启用启动器打印的两个本地包路径。第二个是自有的应用默认值包；已保存的用户偏好保持正常优先级。
启动器不提供模型密钥或云账号。原生欢迎界面直接打开本地工作区，不保存凭据。DeepSeek 账号/API 密钥操作仍作为显式的服务商连接提供。

pnpm test:desktop-application 通过本地 9222 开发端点检查这个运行中的 macOS 预览：实际的 dsh-app 渲染器、macOS preload、全部八个原生科学页面、对话返回、标题、无 iframe，且未观察到页面错误。
它会让窗口保持打开。这些开发者检查端口继承自官方源码启动器。原生 Dock 图标、键盘草稿安全、发布打包和最终应用审计仍待完成；这不是最终品牌安装包。
pnpm test:desktop-notebook 会在选定的工作区里显式创建两个测试 Notebook，并批准无害的 Python/R 计算（42 和均值 4）。它会验证真实的 custom-scheme 写入、确认流程、全新的 Notebook/执行 ID 以及可见输出。只在隔离的预览环境里运行它，并配置好 Python/R。不会用到任何服务商模型或云账号。

固定版本的原生衍生版本还提供一次性 resolved-command 守卫，OmicOS 用它处理未保存的主编辑器导航，以及限定范围内的科学标签页关闭。更早发布的引擎仍保留指针保护。pnpm test:desktop-commands 要求原生预览聚焦在已解锁的桌面上；它会在修改编辑器之前先检查这一点，驱动真实的 Electron 输入，并临时提供受控的丢弃选项。开发桌面处于锁定状态期间，物理验收仍待完成。pnpm test:shared-host-commands 通过现有原生 Host 的 loopback URL，对同一个组装好的 OmicOS 根目录做测试。它测试真实的浏览器按键绑定、主导航的取消/接受，以及限定范围内的科学标签页关闭，不使用模型/账号 fixture，也不提交内存。浏览器是同一个 Host 的第二个前端，不是第二个科学运行时。原生前台输入不可用时，可以用它验证 UI 接线，但它不能替代物理原生验收检查。重新构建源码/客户端文件之前，先停掉开发预览；部分替换的开发模块图不是受支持的实时更新部署方式。

独立工作台仍是下方的诊断/兼容入口，而不是主 OmicOS 应用。原生 Electron 打包和更广泛的 UI 改进仍记录在实现状态中。

运行独立工作区

要求：Node.js 22.13+ 或 Node.js 24+、pnpm，以及可用的 Python 3（以 python3 形式提供，或显式安装的基础 Python 运行时）。Python 尚未安装时，工作台也能打开。可选的 R 单元格需要 Rscript 和 jsonlite。
科学计算包是可选的，必须安装在你选定的环境里。运行时不会静默安装依赖、上传数据或重放单元格。

pnpm install --frozen-lockfile
pnpm build
pnpm start:oss --workspace /absolute/path/to/research-project

打开命令打印的完整启动链接。链接里含一个私有的、按进程生成的 owner 凭据，它会换取 HttpOnly 浏览器 cookie，并从地址栏移除。请对这条链接保密。存储从工作台打开。
由 Harness 托管时，两个窗口都使用其现有的本地 owner 认证。

普通快照只包含最近 100 次执行，不是完整归档。
用历史浏览器或 omicos_execution_history 翻看更早的摘要；精确的 receipt ID、操作去重、原始图像和 Notebook 导出仍然可用。更早的 Notebook 单元格可以显式加载其归档结果。
旧版 Notebook 的完整下载会分页流式读取所有单元格，不会重放代码。详见 执行历史决策。

Notebook 文档存放在各项目的私有运行时目录中。你可以创建或导入 .ipynb，编辑、重排单元格，保存，并显式批准单次运行。导入永远不会执行代码。Python 和 R 使用各自共享的项目内核；改动单元格会让它已显示、已导出的执行输出失效。版本冲突需要重新加载并合并，因此另一个窗口的编辑不会被覆盖。导入的富输出会保留下来用于导出，并带有未验证标记，绝不会作为浏览器 HTML 执行。当前导入上限为 2 MB / 500 个单元格。

数据浏览器可以导入本地文件，上传经过校验且支持断点续传。它按 4 MiB 分片计算哈希，重新加载后保留已确认的偏移量，续传前要求源字节一致。完成时会记录整个文件的 SHA-256；你也可以提供独立的预期摘要。已有项目文件永远不会被覆盖。私有暂存可以暂停或显式取消；提交之后，取消无法删除项目文件。上限为每个文件 10 GiB、同时最多四个导入。目标位置必须支持项目文件系统上的原子不覆盖硬链接。这条上传通道不会解析、加载任何数据，也不会把数据发往云端。CSV/TSV/H5AD/RDS 的加载仍然使用准备好的代码，并需要单独的执行批准。详见 数据导入决策。

远程数据面板把 HTTPS 源导入同一套项目发布机制。你需要批准源 URL、显式重定向来源、目标位置，以及可选的独立字节数/SHA-256。它绝不会转发云端授权或浏览器 cookie。长度未知的传输上限为 10 GiB；非 identity 的内容编码和未批准的重定向会被拒绝。缺少预期哈希时，会标记为仅传输回执，而非独立验证过的源数据。

下载在推进偏移量之前，会先持久化 4 MiB 分片哈希。暂停/重启会保留已提交的字节；续传是显式操作，并会先校验这些字节。部分 Range 续传要求稳定的强 ETag 和已知总长度，范围发生变化或被忽略时会拒绝，而不是悄悄替换前缀。读取和 Host 重启永远不会续传下载。完整流会重新校验，并由常规的不覆盖发布器接管，无需再复制一份大文件到磁盘；发布过程无法在提交中途暂停。取消会删除私有暂存，绝不会删除项目文件。源 URL 的查询参数不会出现在普通回执 UI 和 omicos_remote_import_state 输出中。签名 URL 保留在所有者私有的账本中，供显式续传使用；续期和带认证的连接器流程另行处理。不会自动解析、解包、加载或执行。详见 远程导入决策。
AnnData 浏览器会检查当前 Python 对象，然后预览已有嵌入、obs 分布，或一个显式选定的 X/layer/raw 特征。每次检查/绘图都需要审批。带种子的均匀采样上限为 10000 行；稀疏/backed 读取使用小行块，绝不把完整表达矩阵稠密化。采样类别超过 20 个会被拒绝。缺失的坐标/颜色以及预览子集哈希会记录到执行中；不会隐式执行归一化、对数、过滤或嵌入计算。参见 AnnData 探索边界。

Figure Studio 管理实际的 Python/R 和 Pipeline 产物，配有带版本的图注、声明的方法/数据引用和显式人工审核。每次编辑都会把审核重置为草稿；旧图注和评估保留在历史中。下载原始图及其版本专属的 provenance JSON。每次下载都会校验字节大小/SHA-256；源发生变化会被拒绝，且绝不自动重新生成。Python 图包含 PNG/PDF/SVG，R 保留 PNG/PDF，Notebook 单元格显示其实际 PNG 输出。矢量文件是下载项，不是可内联执行的可执行文档。参见 Figure Studio 架构。

Figure Studio 还支持源固定的多面板 PNG 组图。选择精确的已管理图版本，排列网格或编辑面板坐标，然后在 Figure Studio 多面板组图 中保存/审核。导出的 SVG 内嵌精确的原始 PNG 和源 provenance，不重新生成分析。全新审核要求当前各个源均已单独批准；后续编辑会让旧评估成为历史，并由完整性检查报告。原始字节缺失/变化会阻止图像导出。图注和执行元数据保留，不做自动脱敏。Owner 确认的 PDF 内嵌经过校验的标签字体，并显式映射物理尺寸。选择原始 PNG/provenance 附件，或仅页面输出，不带源附件或组图标题/图注/日期元数据。可见像素和内部字体/ICC 数据保留；仅页面不是自动匿名化。保存/复用项目发布偏好，带不可变历史和归档/恢复。加载或编辑偏好从不携带导出同意；导出时会再次校验字体/源字节，应用的已保存版本按精确修订/摘要绑定。选择捆绑的 OFL 字体，或带校验和固定的静态项目 TTF/OTF，并附嵌入许可声明。CFF/无子集化字体会完整嵌入；缺失字形会被拒绝。PNG 样本（包括 16 位、alpha 和 Adam7）保留其表示的精度，每张图解码样本上限为 96 MB。内嵌 ICC、sRGB 和受支持的 gAMA/cHRM 映射到 PDF 色彩空间；缺失 gAMA 原色时，在确认 UI 和 provenance 中显式假定 sRGB/D65。未声明的颜色保持未管理。动画、HDR、不支持的颜色声明或非恒等 EXIF 方向会被拒绝；支持 identity/absent EXIF 和实际 R PNG。矢量/JPEG 合成、更广的校样和期刊专用导出仍待完成；见装配设计与限制。

PDF 渲染使用有界、可取消的本地 Node worker，不用科学内核，也不用第二个模型。Host 会确认选定的附件策略，并在下载前检查；源附件导出保留原始图像/记录，不做脱敏；当前字体/物理尺寸导出选项不继承此前的装配审批。内置的原始 Source Sans 3 字体单独按 OFL 授权，其声明与来源/校验和清单位于 runtime/fonts。见 PDF 渲染/字体范围、PNG 颜色解释与边界、附件策略与共享限制、已保存的发布偏好。

项目 MCP 连接复用可选的已发布 Harness peer @deepseek-ai/dsh-mcp-client@0.2.1-rc.3。用其包管理器在 Harness 配置档/包环境中安装这个确切的包，然后在工作台中使用科研 MCP 扩展连接。不要为受管连接添加第二个全局客户端条目。资源工具需要 mcpResources，已随 Harness 配置档提供。独立模式可以保存配置，但不运行服务器。

连接默认禁用；编辑会撤销激活。人工启用/重连与单个工具/资源审批相互独立。服务器只挂载在项目的具体 Scientist 智能体内部。当前授权单独存储在 Host 中，因此复制/恢复项目文件不会转移或恢复访问权限。凭据对象使用环境引用，例如 {"environment":"RESEARCH_TOKEN","prefix":"Bearer "}；在 OmicOS Host 插件的 mcpSecretEnvNames 配置中允许该变量名。值永远不会进入项目配置/导出；不要把密钥放进命令参数或 URL。本地服务器按 Harness 子进程行为，以普通 Host 用户权限运行。不会自动安装任何服务器包。见 MCP 架构与验证范围。

项目研究档案保留撰写的研究发现、局限和明确的来源快照，来自执行/导入回执、方法、图表、Notebook 和计划。快照和修订会计算哈希；当前来源检查与历史人工审查相互独立。证据变更/缺失会阻止新的审查，直到你明确重新捕获。导出会下载确切保存的修订，不重跑分析、不复制私有会话记忆、不上传到云端。导入回执固定不验证后续数据集字节；图表捕获检查产物字节，但不嵌入 JSON 导出包含原始执行文本和路径，不会自动脱敏。上限为 1–10 个来源，每条 2 MB。参见 dossier decisions。

科学方法库接受明文方法包，包中需写明精确版本、作者、来源 URL 和许可证声明。新方法在你本地发布之前一直是草稿；导出和导入都不会转移审批状态。同一个键/版本不能用改动过的字节覆盖。四份原始公开清单可以显式整理成一个可审查的方法包；整个过程不抓取、不运行任何外部来源。

Pipeline 可以把一条已发布的精确方法引用追加到当前草稿，不替换步骤或参数。受管固定项会在 define/start/recovery 和实际派发时重新校验。撤回某个方法会阻止后续使用，但保留此前的结果和审查修订。已经在运行的代码不会被自动终止。常规的工具/执行审批仍然生效，发布也不等于独立的科学或法律验证。参见 method version decisions。

科学计划现在会保留固定的目标、有序步骤、输入/输出、方法引用、风险和验收标准。智能体可以读取和提议；你在工作台批准或驳回。任务完成需要你的评估，以及一条实际成功的项目或 Pipeline 执行回执。编辑会重置审批和当前评估；重新打开某个步骤会清除下游评估，但保留历史。批准计划从不执行代码，也不绕过工具审批，声明的方法和人工验收都不等于独立的科学验证。参见 research plan decisions。

研究记忆现在有主题树，包含带来源的事实、会话私有笔记和项目本地长期条目。先保存提案，审查其来源，并显式确认版本，Scientist 才能使用。摘要会固定来源修订；更改或撤回来源后，依赖它的过期摘要会从自动上下文中移除。整合会保留全部原始历史。提升会话私有内容需要单独的共享审批。长期记忆目前限定在单个项目内。声明的文件/引用不会被自动读取或核验。参见 memory architecture。

base Python runtime 面板可以在 macOS/Linux 上安装独立的 CPython 归档，无需预装 Python。内置固定项目前是 CPython 3.12.15 / python-build-standalone 20261021，面向 macOS arm64；其他受支持的目标需要由所有者提供描述符。先审查精确版本/平台、HTTPS 来源允许列表、归档字节长度、SHA-256 和上游许可证声明，然后显式批准安装和原生解释器验证。使用绝对路径 archiveFile 可以离线安装，大小和哈希校验完全相同。
下载永远不会拿到云端授权或 cookie。重定向必须留在已批准的源集合内。解压使用私有暂存目录和有界工作进程，拒绝路径穿越、大小写别名、设备文件，以及逃逸链接、悬空链接和循环链接，并记录完整的文件、链接、目录清单。文件留在 Host 状态缓存中，不进入项目浏览或导入目标位置。取消时会等待自己发起的工作停止；清理只删除失败、取消或中断产生的部分文件，保留回执。另一个活跃 Host 无法接管正在进行的安装。任何读取操作或 Agent 工具都不会自动安装或激活运行时。

为下一次 Host 启动选择一个已验证就绪的基础运行时，或回滚到外部 Python。显式 --python 或 Harness python 设置优先；把 Harness python 留空即可使用所选运行时。当前内核保持不变。启动和选择都会在执行下载的 Python 之前校验完整清单。文件变更或缺失会阻止 Python 执行和供给，并保留工作台回滚入口；绝不会静默调用替代解释器。原生发行版以操作系统用户权限运行，不在安全沙箱中。参见基础运行时决策。

Python 环境面板可以显式创建一个独立托管 venv。提供精确的包版本和 SHA-256 wheel 哈希，包括所有依赖；基础环境把包数组留空。只安装二进制 wheel，来源为公共 PyPI 或项目相对路径下的离线 wheel 目录。读取或 Agent 调用时不会安装任何东西。安装过程显示有界日志，可以取消；未完成的文件可以显式删除，同时保留回执。失败绝不会替换之前的环境。npm 包中不捆绑解释器二进制文件；基础 Python 是可选的显式下载。R 安装器尚未实现。

为下一次 Host 启动选择一个就绪环境（或外部 Python 用于回滚）。当前内核及其变量保持不变。选择或启动前会检查所选文件；环境变更或缺失会阻止新的 Python 工作，同时工作台仍可用于回滚。Python Pipeline 默认值跟随下次启动的选择，恢复过程保留环境检查。目前覆盖 POSIX；Windows/Electron 和公共科学锁目录仍未验证或未实现。参见托管环境决策。pnpm test:provisioning 检查强制 Host 死亡与恢复；可选的 pnpm test:provisioning:online 会显式下载一个固定的小型 PyPI 测试包到临时环境。两者都不使用官方云端凭据或支付。

其他参数：--python /path/to/venv/bin/python、--port 18620、 --rscript /path/to/Rscript、--pass-env NCBI_API_KEY,CUSTOM_DATA_VAR、--state-dir /private/state/directory 和 --cloud-base https://auth.omicos.cn。
服务只绑定回环地址；不支持把它作为公网服务器暴露。

独立命令行在不带 Harness 的情况下运行显式 Python 单元。从 DSH OmicOS 入口打开同一工作区时，它还会通过现有 Harness 会话控制器提供智能体聊天。每个项目固定保留一个 Scientist 会话；不会启动第二个 LLM 循环。没有 Harness 连接时，聊天面板会说明如何连接，本地 Python 仍然可用。工具审批目前需在 Harness 主窗口完成。

云窗口还会列出各服务域的成员资格，以及服务器下发的到期提醒，并带有购买/试用/授予/席位标签。续费时会选中正确的目录，并要求单独确认订单。取消/恢复会指明目标域；不确认目标域的旧服务器会在变更前被拒绝。未知/离线的成员资格状态绝不会被视为降级，本地工作保持独立。参见成员资格边界。

在 Harness 中安装

基线是官方 dsh-v0.2.1-rc.3 发行版、Cordis 4.0.5 和 Schemastery 3.18.5。已移除过时的 dsh-client-runtime 依赖。构建此检出，然后把其绝对路径添加到你的 web 配置档：

dsh plugin --profile web add /absolute/path/to/dsh-omicos

OmicOS 对话标签页会打开独立工作区和商店。科学工具使用调用会话的工作区；显式配置的工作区优先。初始项目还会跟随 Host 工作目录。

- id: omicos
config:
backend: oss
workspace: /absolute/path/to/research-project
python: /absolute/path/to/venv/bin/python
workerEnvNames: []
upstreamBaseUrl: https://auth.omicos.cn

web 配置档还会新增 OmicOS Scientist 智能体预设。进行科学对话时选择它；其他预设不会继承其人格。它共享同一 Host 模型循环和项目内核。

OSS 工具面如下：

- omicos_science_context：变量、最近的科学执行和项目记忆。
- omicos_run_python：经批准的 Python 执行，可选异步。
- omicos_run_r：经批准的持久 R 执行，捕获 PDF/PNG。
- omicos_execution_status：实际执行状态和有界输出。
- omicos_cancel_execution：请求取消，然后查询终态。
- omicos_project_memory_write：经批准修改有来源的项目事实。
- omicos_workspace_files：有界项目数据清单，带私有路径保护。
- omicos_inspect_anndata：经批准的仅元数据审计，不改变表达值。
- omicos_scientific_skill：公开的 AnnData/QC/差异表达/图表检查清单。
- omicos_environment：解释器和已安装科学包的元数据。
- omicos_notebook_state：列出、读取、导出持久化的 Notebook 文档和执行引用。
- omicos_notebook_update：经批准后创建、导入、保存，并做精确的修订检查。
- omicos_notebook_run：经批准后执行已保存的单元格，重试 ID 保持稳定。
- omicos_cloud_store：云账号以及 store/workspace 的入口；不含支付工具。

Python 工具和内存写入工具使用 Harness 的执行前审批机制。
没有审批服务或审批通道时，它们按失败关闭处理。其他工具策略拒绝照旧保留。Worker 拿到的是专门准备的 OS/科学运行时环境，而不是 Host 的完整环境。任意模型密钥/token 默认不继承。
用 workerEnvNames（或命令行 --pass-env）显式转发科学集成所需的额外变量名；这些变量的值不会写入日志。
Python 以你的操作系统权限运行；这是可信研究环境，不是 Python 安全沙箱。

科学状态与恢复

一个项目拥有一个 Python 命名空间，以及一个可选的独立 R 命名空间，由各自的单元格和绑定的会话共享。
每个项目只有一条执行队列。不同项目使用各自的 worker。项目锁防止相互竞争的运行时进程破坏其元数据；在别处打开同一项目前，先关闭原来的运行时。

- .omicos-oss/project.sqlite：事务化执行、有界 stdout、来源内存和按序记录的科学凭据（SQLite WAL）。
- .omicos-oss/artifacts/：生成的图表，记录 SHA-256 和字节大小。
- 已有的 executions.json / memories.json：保留为迁移备份；只导入一次，绝不用来覆盖更新的数据库记录。
- .omicos-oss/runtime.lock/：进程归属与心跳，不是项目数据。

重试请求时使用稳定的操作 ID。用不同代码/会话复用同一 ID 会被拒绝。Host 重启保留历史、产物和内存， 不保留活的 Python 对象。未完成的执行变为 interrupted，绝不静默重跑。失败或取消的单元格可能留下部分变量或文件改动。
R 的历史和变量与 Python 分开；两种语言共用项目账本。界面会明确区分这一点。Notebook 导出保留源码、输出、执行身份、内核代次和产物引用。

用 matplotlib 创建的图表在单元格成功执行后保存；R 图形在支持时捕获为 PDF，并附 PNG 预览。图表会显示在工作区中。文件端点检查工作区包含关系和完整性。
重启时不会自动加载任何对象 pickle。

数据浏览器预览有界文本，并准备好 CSV/TSV/H5AD/RDS 的加载代码供你审阅；它不会仅因为选中数据集就执行或反序列化它。
AnnData 检查会报告 layers、raw/embedding 元数据和唯一性，归一化/对数状态除非有单独证据支持，否则明确标为未知。
项目引用保存在 Host 状态目录中，重启后按需重新打开。
已删除或已移动的项目，不会因为访问旧项目 ID 而被重新创建。
工作区通过 SSE 跟踪持久化的科学事件，并从最后提交的事件 ID 之后继续，轮询作为恢复路径。Host 重启会刷新

CSRF nonce only after an explicit pre-dispatch rejection; unknown execution or
checkout outcomes are never automatically retried.

Each execution also records its actual interpreter/package versions and a kernel
environment fingerprint; it does not dump process environment variables or keys.

The ledger uses the Node SQLite API. Its
receipts establish execution/code/artifact identity, not full I/O provenance or
scientific validity.

Official cloud store

Local work does not require an OmicOS account. The store supports device-code
login, live server catalog prices, monthly/quarterly/yearly selection, order
confirmation, WeChat/Alipay QR, order polling/recovery, current subscription,
and cancel/restore subscription management. Unsupported sales-only combinations
are disabled or rejected by the server. The store also provides paid-order records,
order-bound invoice applications/withdrawals, live lab seat pricing and owner-only
seat changes. Seat expansion orders use the same payment panel. Advanced cloud
resource/usage management remains in the migration queue.

Credentials stay in the Host's private state directory (~/.omicos-oss/cloud.json
by default), in an owner-readable file. They are not put in browser storage,
URLs or Agent responses. This preview uses a private credential file rather
than an OS keychain. Device approval happens in the official browser page; the
workspace never requests passwords or SMS codes.

Only official server order status activates the displayed cloud entitlement.
The client does not call payment webhooks, support mock payment activation, or
restart charged analysis after purchase. Closing an order panel stops its polls,
not the cloud order itself. Account changes invalidate quotes and stale responses.
If order creation times out, do not repeatedly create or pay orders; verify order
state through the official account before retrying.

Commerce UI and protocol were exercised against an isolated mock cloud and real
browser. Production checkout, merchant callbacks and real account entitlement
renewal have not been validated by these tests.

Legacy Core compatibility

Set backend: core to use the original delegated Core Agent tools. Install the
Core package separately if desired; it is no longer downloaded as an OSS package
dependency. The legacy adapter may attach to/start Core according to its config.
It has a separate Core-managed cloud identity; OSS login does not migrate it.
Read legacy Core instructions for the existing tool/command
surface. This compatibility backend is not the standalone open-source path.

Verify

Browser and package checks are reproducible from this repository. For browser checks,
install a Playwright Chromium build (pnpm exec playwright install chromium) or
set OMICOS_BROWSER_EXECUTABLE to an existing compatible Chrome executable.
OMICOS_SCIENCE_TEST_PYTHON selects an environment with AnnData/pandas for the
optional full scientific checks. R checks run when Rscript/jsonlite are available.
Screenshots contain synthetic test data and go to ignored test-results/.

pnpm typecheck
pnpm test
pnpm build
pnpm test:browser
pnpm test:package

Tests include real Python processes, project isolation and ownership, cancellation,
restart recovery, actual Harness rc.3 tool runtime/approval denial, cloud account
isolation, one-use checkout confirmations, CSRF/origin/Host checks and notebook
export. A green test suite is not evidence that every Core capability has migrated.

License

GPL-3.0-only, retained from this plugin. Build-generated lib/third-party-*.txt
files include the exact license notices for inlined npm dependencies; build/test
scripts and source are included in the package. New OSS runtime code does not copy private
Core implementation files. Official cloud service availability, paid resources,
third-party data and models have their own terms; they are not included by the
plugin license. Review each proposed Core extraction before public distribution.

The full published Harness Web integration can be reproduced with
pnpm test:harness-browser (Playwright Chromium must be installed). It creates
an isolated temporary DSH profile, installs this local plugin, uses a local synthetic
model key and model server, and verifies owner authentication, the OmicOS entry,
fixed Scientist chat, and approval in the actual main window before real Python
execution. It does not use your normal DSH profile or call a paid model.

Orders created on this device are recorded in a private, account-and-origin-scoped
SQLite recovery ledger. The store can reopen them after a window close or restart.
The local list omits payment links and labels status as the last check; reopening
requires a fresh official query and matching amount/provider/expiry before showing
a saved QR. Paid or expired orders never regain a payable QR. A failed local save
after checkout reports a recovery warning with the successful order; it never
repeats the purchase. This is local recovery history, not a complete cross-device
cloud order listing.

With backend: core, the OmicOS tab retains its original account, kernel and
capability console and delegated Core tools. Its optional local workbench does
not advertise the OSS Scientist preset; use the original Harness/Core conversation
or select the OSS backend. The OSS backend never needs a private Core binary.

Cloud mutations are bound to the account and login generation visible when the
form was opened. If another window switches accounts, the Host rejects stale
subscription, invoice and seat actions before contacting the cloud, refreshes the
UI, and asks the user to review the current account. It never silently replays
those actions. Local execution and workspace resolution remain account-independent.

Local Pipelines

The workbench can save fixed ordered Python/R definitions and run them in independent
project workers. Each definition pins code, JSON parameters, declared data paths,
optional versioned reference text and its content hash. Editing creates a new hash.
Saving never executes; the Run button approves execution, and gate: true pauses
before that step for a separate human decision. These workers do not inherit ad hoc
variables; they use the project working directory and configured interpreter.

Checkpoints declare durable files and explicit restoreCode. The Host records hashes
after successful execution. Recovery verifies original inputs/checkpoints, starts a
fresh namespace, compares actual environment metadata, and runs the pinned restore
source only after approval. Changed environments need explicit acceptance. Failure,
cancellation or interruption never triggers an automatic replay; review partial
side effects before restoring or recomputing. Four runs may hold local kernels at
once; overlapping declared output/input paths are reserved to prevent collisions.

Pipeline tools: omicos_pipeline_state, omicos_pipeline_define,
omicos_pipeline_start, and omicos_pipeline_control. Definition/start/recovery
actions use Harness approval; cancellation requests stop the named run. Full
receipts, file/artifact hashes and sequenced recovery logs remain accessible after
workers stop. The current executor is local and ordered, with one language per
definition; remote/mixed-language orchestration remains in the migration plan.

On POSIX, a bundled Node supervisor owns each scientific process group and monitors
a separate Host-lifetime socket. Abrupt Host death terminates the owned family, even
when Python/R are busy in native code. This is lifecycle management rather than a
sandbox: trusted code has OS-user permissions and can deliberately escape the group
or leave external side effects. Windows and Electron-host lifecycle behavior are
not yet verified. See Pipeline decisions
and worker ownership.

Pipeline definitions and runs also have independent 50-summary pages and search/
state filters. The current pinned draft and run stay selected while browsing other
pages; a known definition SHA-256 or full run UUID can be opened directly. Older
runs keep the same start-operation deduplication and explicit recovery requirements.
Collection paging does not truncate an individual run's full evidence journal. See
Pipeline collection decisions.

Capability discovery

Run omicos-oss --version to inspect the installed version without opening a project.
The owner-authenticated GET /omicos/oss/api/capabilities describes the runtime
version, supported scientific protocol and implemented/optional/unverified features.
It never starts interpreters or contacts cloud. Send x-omicos-protocol: 1 to API
requests; an unsupported explicit version returns HTTP 426 before dispatch. Discovery
remains accessible after owner authentication even with a mismatched header. Existing
clients without the header retain protocol-1 behavior. The workbench footer and
omicos_runtime_capabilities Agent tool expose the same contract.

The pinned Harness rc.3 adapter has native unload/remount and WebServer-replacement
coverage, including actual worker ownership, interrupted receipts and SSE cleanup.
Concurrent startup requests share one handler/CSRF generation; retired routes fail
before dispatch. Full plugin unload restarts an arbitrary Python namespace cold;
carrier-only replacement preserves it. See lifecycle evidence and remaining
platform limits.

Retained Scientist preset bindings also follow the current Host provider after
remount: the next context prepares authorized MCP tools and refreshes the public
prompt assembly, while current memory stays literal and approvals remain required.
Cold transcript reads do not start transports. See retained-scope evidence and
remaining live-streaming limits.

Scientist chat now streams visible text through the same Harness controller, with
partial reconnect baselines and committed history. Closing the window stops only
its observer; explicit Stop retains the existing cancel path. Reasoning, tool
arguments and injected context are not relayed to this chat surface. Text windows
are bounded and full history remains Harness-owned. See stream protocol, limits
and verification.

固定科研会话支持“浏览固定会话历史”：按页读取 Harness 已保存的公开文本，不会创建 Agent 或发起模型调用。每页最多 50 条消息，采用固定历史边界；历史面板独立于实时回复。跨页修订可能保留旧版本，工具参数、推理和注入上下文不显示。

工作台提供“跨项目检索记忆与科研档案”：仅扫描 Host 已登记的项目元数据，默认排除会话私有笔记和未确认提案。每页最多扫描一个项目的一类记录 50 条，没有匹配也可继续扫描。结果保留项目、版本和状态，不会启动科研进程或自动进入 Agent 上下文。

Pipeline 运行详情采用最近 20 条摘要窗口，支持分页读取全部执行尝试、检查点与恢复记录。
旧尝试可按需打开完整收据和图表；旧检查点可选入恢复表单，仍需重新确认和通过文件校验。
分页修订过期时会要求重新读取，不会自动恢复或重跑。单条元数据读取上限为 2 MB。

Pipeline 支持按精确修订下载完整运行元数据：固定定义、所有尝试/检查点/恢复决策和事件日志。
下载从一致的 SQLite 快照分块生成，响应提供长度与 SHA-256，供独立校验。
它会保留原有代码、参数和路径，不额外打包外部数据集、图像文件或另存的完整执行收据；不是脱敏文件或可自动执行的完整科研回放包。关闭下载不会取消分析。

AnnData 探索支持分组多特征点图：选择 1–20 个精确特征 ID、分类 obs 字段、X/layer/raw 和阈值，批准后从现有对象采样绘图。颜色为有限值均值，点面积为有限值中严格大于阈值的比例；回执保留分母、缺失值、分组规模、来源和采样哈希。不会自动变换数据或进行差异表达检验。

分组箱线图和小提琴图支持数值 obs 或单个特征的 X/layer/raw 数据。回执保留分位数、须线、离群值和有限样本量；小提琴明确标注 Scott 密度估计与逐组宽度缩放，单值/常量组以线标记显示。所有图表均需明确批准，不自动变换数据或进行假设检验。