omicverse/dsh-omicos

@omicverse/dsh-omicos

在 DeepSeek Harness 内部运行 OmicVerse/OmicOS 生物信息学分析。
dsh 智能体掌控全局；本插件为它提供一个持久化的 Python 内核
（scanpy / omicverse / R），以及 OmicOS 自带的分析技能目录。

中文简介：把 OmicOS 的生信分析能力接进 dsh。DeepSeek 负责对话与规划，
OmicOS 负责跑分析——持久 Python 内核，adata 等状态跨轮累积；
另带账号/订阅标签页与实时执行过程可视化。

dsh plugin --profile web add @omicverse/dsh-omicos

工具

一个工具负责运行分析；其余工具则直接读取本地内核，既不消耗轮次也不消耗 token。

| 工具 | 功能 |
| --- | --- |
| omicos_analyze | 在绑定到工作区的持久化内核中运行一个完整的 OmicOS 轮次。在同一个 dsh 会话中重复调用会落到同一个 OmicOS 对话上，因此状态会累积。background: true 会将其交给 ctx.jobs，并带有实时 tqdm 进度。 |
| omicos_capabilities | 搜索已安装的技能/智能体目录（完整安装下有数百个技能和约 100 个智能体），并返回一个经过排序、有界的结果投影。用它来判断某项任务是否值得委派。省略查询则返回分类概览。 |
| omicos_list_variables | 内核中当前存在的内容——名称、类型、形状、大小。 |
| omicos_query_variable | 某个变量的详细信息。对于 AnnData，这包括预处理状态（is_int / is_normalized / is_log1p / is_scaled），而这正是决定下一步是否合法的依据。 |
| omicos_list_generated_files | 本对话中的分析所生成的每一个文件。 |

命令

/omicos-help（本插件新增了什么，以及去哪里查看）、/omicos-login
（设备码配对——在浏览器中用手机或邮箱登录）、
/omicos-status、/omicos-account、/omicos-logout、/omicos-stop-kernel。

刻意保持简短：命令只用于智能体无法替你完成的事情。
列出变量、浏览能力或查找输出，最好直接问智能体，因为它正好有对应的工具。

界面

客户端 bundle 为 web profile 增加了两个界面：

- 对话旁边的 OmicOS 标签页——一个小型控制台：登录状态、
套餐与到期时间，并带有订阅或管理的链接；哪些内核已挂载、
挂载在哪里、版本是什么，以及它们当前绑定了什么；还有一个
用于搜索已安装能力目录的搜索框；
- omicos_analyze 调用上的实时工具视图——分析运行时的步骤、工具调用和
stdout 尾部，而不是一个最终以一大段文字收尾的加载动画。生成的图表会渲染在
完成后的卡片中。

如果安装了 dsh-better-sidebar，
那里也会注册一个“OmicOS 产物”标签页；该集成是可选的，并在运行时检测。

要求

- omicos-core 随安装一同提供。 @omicverse/omicos 是一个依赖项，
因此约 21 MB 的平台二进制文件会与插件一起落在 node_modules 中
而不是在你的第一次工具调用中途由 npx 拉取。
在运行时，插件仍会附加到你已经在运行的某个内核
（桌面应用或终端），如果存在的话；只有在不存在时才会生成捆绑的二进制文件，
并且只会停止它自己启动的内核。
- 一个 OmicOS 账户，用于云后端模型和更高层级的套餐。
使用 /omicos-login 登录；此插件从不持久化任何令牌——
已批准的登录会交给本地核心，由核心保存。
- dsh 0.1.0-rc.6。请注意，一些 @deepseek-ai/dsh- 包有一个过时的
latest dist-tag 指向 0.0.1-rc.x，因此这里的每个 dsh 依赖都被
精确锁定版本。

配置

在你的 profile 自己的 cordis.patch.yml 中覆盖。补丁会替换
该行的整个配置——不存在深度合并——因此请重新声明你关心的每一个键：

- id: omicos
config:
workspace: /path/to/project   # '' = follow each dsh session's own cwd
autoStart: true               # spawn a kernel when none is attachable
upstreamBaseUrl: https://auth.omicos.cn
npmRegistry: ''               # mirror knob for the kernel spawn

安全态势

- 工具在核心中以 permission_mode: "full" 运行。单次工具结果
没有空间容纳中途的批准提示，而阻塞等待批准会导致该轮次死锁；
将 dsh 的批准 UI 桥接到 OmicOS 轮次是计划中的，尚未完成。
- 目录搜索在回答之前会进行投影：技能 source_path（一个
绝对本地路径）和逐字的 use_when 路由文本会被索引，但
从不返回，因此它们不会传到模型。
- 插件的 HTTP 路由被固定到回环地址。

开发

pnpm install
pnpm build       # tsc + the client bundle
pnpm typecheck
pnpm test        # 89 tests against the real dsh defineTool and a mock core

此包发布为 ONE 个依赖轻量的产物：@omicverse/omicos-
SDK 由 esbuild.host.mjs 内联，并保留为 devDependencies，而
@deepseek-ai/ 保持外部（由 harness 提供，并且第二份
Schema 副本会导致配置验证失败），@omicverse/omicos 保持为真正的
依赖（它作为子进程被生成，从不被导入）。

src/host/dsh-compat.ts 是唯一允许导入 @deepseek-ai/ 的模块。
bridge.ts / kernel.ts / runner.ts / auth.ts 完全没有 dsh 依赖，
因此 dsh API 变更会被兼容层加上 tools.ts、
commands.ts 和 index.ts 吸收。

GPL-3.0-only