学术速递日报 tf1993614/academic-digest

自动学术速递

每天按你的关键词，把 PubMed / Europe PMC / arXiv / Research Square / GitHub 的新内容筛成一份中文日报，推送到微信。

脚本管事实，模型管表达，Server酱管到达。

这是什么

- 每天跑一次，按 config.yaml 里的关键词组（示例是六组）抓取 PubMed、Europe PMC、 arXiv、Research Square 与 GitHub。
- 目标 3 篇今日必读 + 7 篇其它速览（候选不足时按实际数量）；今日必读带标签、摘要、局限性与方法精读。
- GitHub 单独成块：新库、活跃库、关注库的新 release，以及 AI 工具 / Agent Harness 的 G6 区块。
- 一个自包含的 Agent Skill：仓库里同时提交 .dsh、.claude、.agents 三个扫描根下的生成副本，克隆后三家客户端各扫各的目录。
- 推送走 Server酱，日报是 Markdown，手机微信直接可读。

为什么做

每天翻五个来源、读几十条英文摘要，真正值得读的往往只有几篇；RSS 只按时间排，不会按你的关键词筛。这个项目把流程拆成三段：

1. 确定性脚本负责采集、去重、排序、配额、校验与推送；
2. 模型只负责读候选池、写 3 + 7 的选题理由与中文摘要；
3. Server酱负责到达。

采集、校验、推送都可以离线复现；模型写得好不好，有 digest check 按固定契约把关。

一期日报长什么样

下面是 tests/fixtures/digest/valid/digest.md 的节选（测试假数据，不是真实论文）：

学术速递 · 2026-10-22 关键词：… ｜ 新论文 12 篇，精选 10 篇 ｜ GitHub 5 个

今日必读
1. Aging multi-omics atlas of the mouse brain
- 标签：aging multi-omics
- 摘要：…
- 局限性：…
- 方法精读：…
- 原文 · PDF

其它速览
- Single-cell foundation model benchmark — single-cell foundation model · 摘要：… · 局限性：… · 链接

GitHub
新项目
- owner/repo ⭐ 42 · Python · 2026-10-21 · 一句话定位 · 与哪组相关 · 链接

AI 工具 / Agent Harness
- anthropics/claude-code v2.0.0（官方 release，2026-10-21）· 更新要点 · 链接

来源：pubmed ok (2) ｜ europepmc ok (9) ｜ github ok (5) 候选：12 ｜ 入选：10 ｜ 生成：2026-10-22T08:00:00+08:00

- 今日必读目标 3 篇，四要素齐全；方法精读只基于 OA 全文，拿不到就明确写“仅基于摘要”。
- 其它速览一篇一行，含摘要、局限、标签与链接。
- GitHub 三个区块与 G6 不占论文的 3 + 7 席位；没有更新时整块省略，不补空条目。
- 页脚覆盖每个源的状态、候选数、入选数与生成时间；digest check 会逐项校验。

快速开始（5 分钟）

要求：Python 3.11+、git。第一次先装一次依赖。最省事的是 pip install -e .：它会装依赖，并顺带提供可选的 academic-digest 命令；academic_digest 的代码随 skill 走，入口脚本自己解析 sys.path，所以不装这个包也能跑：

git clone https://github.com/tf1993614/academic-digest.git
cd academic-digest
python3 -m venv .venv && . .venv/bin/activate
pip install -e .

下面四条命令只读 tests/fixtures/ 里的录制响应，不联网、不需要 secrets、不需要 config.yaml：

1. 配置与录制响应自检
python3 skills/academic-digest/scripts/doctor.py \
--config tests/fixtures/walking/config.yaml \
--fixtures tests/fixtures/walking

2. 采集候选池；--now 固定逻辑时钟，输出可复现
python3 skills/academic-digest/scripts/collect.py \
--config tests/fixtures/walking/config.yaml \
--fixtures tests/fixtures/walking \
--now 2026-10-22T08:00:00+08:00 \
--out /tmp/candidates.json \
--state-db /tmp/state.sqlite3

3. 校验一份模型写好的 selection 与日报
python3 skills/academic-digest/scripts/digest.py check \
--candidates tests/fixtures/digest/valid/candidates.json \
--selection tests/fixtures/digest/valid/selection.json \
--digest tests/fixtures/digest/valid/digest.md

4. 构建 Server酱 payload；不读 SendKey、不发送bash
python3 skills/academic-digest/scripts/push.py \
--config tests/fixtures/walking/config.yaml \
--candidates tests/fixtures/digest/valid/candidates.json \
--selection tests/fixtures/digest/valid/selection.json \
--digest tests/fixtures/digest/valid/digest.md \
--now 2026-10-22T08:00:00+08:00 \
--dry-run

四条命令都退出 0，说明代码、fixture 与依赖都就位。接下来配置真实运行： bash

secrets.env：写入 SERVERCHAN_SENDKEY 与 GITHUB_TOKEN，权限 600（gitignored）

skills/academic-digest/scripts/setup-secrets.sh

config.yaml：从模板复制后按访谈调整（gitignored）

cp config.example.yaml config.yaml
set -a; . ./secrets.env; set +a
python3 skills/academic-digest/scripts/doctor.py --config config.yaml

doctor 联网检查每个源的连通性、GitHub 配额与状态库路径；看到最后一行 doctor: all checks passed 之后再接定时。

获取凭据（Server酱 SendKey 与 GitHub token）

两个值都只写进仓库根的 secrets.env（已被 gitignore，权限 600）。最省事是运行一次性向导，它会打开下面的页面、隐藏输入、写文件并设权限： bash skills/academic-digest/scripts/setup-secrets.sh

手动配置也可以：

Server酱 SendKey

1. 打开 <https://sct.ftqq.com/>，用微信扫码登录。
2. 在「SendKey / 密钥」页面复制 key（常见形如 sctp...）。
3. 写入 secrets.env：SERVERCHAN_SENDKEY=<复制的 key>。

Server酱³ 的 key 形如 sctp<uid>t...，控制台在 <https://sc3.ft07.com/>；本项目会自动选择推送域名。免费额度与限制以 Server酱官网为准。

GitHub token

1. 打开 <https://github.com/settings/tokens/new>。
2. Note 填 academic-digest，Expiration 选 90 天。
3. Classic token：只做公开数据发现时不勾任何 scope；要跟踪自己 starred 的私有仓库时勾 repo。也可以建 fine-grained token，只给公开仓库只读权限。
4. 复制 ghp_... / github_pat_...，写入 secrets.env：GITHUB_TOKEN=<复制的 token>。
5. 执行 chmod 600 secrets.env；不要提交 secrets.env，也不要把 key 贴进对话、日报或 Prompt。

不配置 GitHub token 时，把 config.yaml 的 sources.github 设为 false；不配置 SendKey 时 push 会退出 2（不会发送）。

接到你的客户端

仓库自带三份生成副本，克隆后不需要再复制或软链即可被三家发现（依赖仍需按上一节装一次）：

| 客户端 | 扫描根 | 触发 |
| DSH | .dsh/skills/ | 会话中加载；看板卡定时需 task-board 插件（见下） |
| Claude Code | .claude/skills/ | /academic-digest |
| Codex | .agents/skills/ | /skills 选择器 |

DSH 本体不带任务看板与 cron；看板卡来自 DSH Web 的任务看板插件 @linxin666/dsh-client-ui-task-board（装 @linxin666/dsh-web-all 全家桶时已包含）。
侧栏里没有「任务看板」时，按「每天定时跑」里的命令安装后再重启 dsh web。

三份副本由 scripts/sync-skills.sh 从 skills/academic-digest/ 生成，除 references/scheduling.md 外逐字节一致；不要手改副本，改源目录后重新同步。

想在所有仓库里使用，可以把对应副本软链到用户级扫描根： bash
mkdir -p ~/.dsh/skills ~/.claude/skills ~/.agents/skills
ln -sfn "$PWD/.dsh/skills/academic-digest" ~/.dsh/skills/academic-digest
ln -sfn "$PWD/.claude/skills/academic-digest" ~/.claude/skills/academic-digest
ln -sfn "$PWD/.agents/skills/academic-digest" ~/.agents/skills/academic-digest

运行数据（config.yaml、secrets.env、out/、state/）留在执行命令的那个仓库根，不跟着 skill 走；推荐始终在你克隆的仓库根运行。客户端的发现规则见 Claude Code skills 与 Codex skills。

配置

config.yaml 从 config.example.yaml 复制，已被 gitignore。
最常改的几项：

- timezone：IANA 时区，默认示例是 Asia/Shanghai；
- topics：六组关键词与每组 max_items（G2 最多 4 篇，G6 独立成块）；
- sources：PubMed、Europe PMC、arXiv、Research Square、GitHub 默认开； bioRxiv / medRxiv 默认关；
- lookback.arxiv：至少 4 天，否则配置校验失败（周五到周一的公告会合并）；
- journal_filter：可选期刊白名单，默认不限；
- push.sendkey_env：SendKey 所在的环境变量名，默认 SERVERCHAN_SENDKEY； SendKey 本身不写进配置。

完整字段、默认值与校验规则见 docs/configuration.md。

每天定时跑

DSH：看板卡 + task-board 插件

DSH 本体不带任务看板与 cron；看板卡与 cron 来自 DSH Web 的任务看板插件 @linxin666/dsh-client-ui-task-board（装 @linxin666/dsh-web-all 全家桶时已包含）。
如果侧栏已有「任务看板」，跳过安装；没有则安装并重启 dsh web： bash
dsh plugin --profile web add @linxin666/dsh-client-ui-task-board@latest

或者一次装全家桶

dsh plugin --profile web add @linxin666/dsh-web-all@latest
dsh web

然后在看板建卡：cron 0 8 * * 、时区 Asia/Shanghai；看板起会话加载 skill，不经过 wrapper。建卡字段与 Prompt 见 references/scheduling/dsh.md。

没有这个插件时，task_board_ 工具和看板 cron 都不存在；本版没有为 DSH 提供 headless wrapper，定时请改用 Claude Code / Codex 的 run-daily.sh，或自行调度。

Claude Code / Codex：本机定时器 + wrapper

同一个无人值守入口 skills/academic-digest/scripts/run-daily.sh <claude|codex>；它加载 secrets.env、加并发锁、写 out/logs/run-daily.log、透传退出码。systemd、launchd、 crontab 的可粘贴片段分别在 references/scheduling/claude.md 与 references/scheduling/codex.md。

错过触发不会补跑；各源自己的 lookback（默认 2–4 天）会在下一次运行时补上窗口。
云端定时与 GitHub Actions 定时不在 V1 范围内。

命令与退出码

| 命令 | 用途 |
| collect | 抓取各源，写出候选池 out/candidates.json |
| fulltext | 取单篇 OA 全文，抽取方法 / 结果 / 局限 |
| digest check | 校验模型写的 selection.json 与 digest.md |
| push | 把校验过的日报推到微信 |
| doctor | 检查配置、源连通性与状态库路径 |

--fixtures DIR 只读录制响应、绝不联网；给出时应同时固定 --now。完整参数、产物与退出码见 docs/cli.md。

| 退出码 | 含义 |
| 0 | 成功（含空日报按配置发送 / 跳过、push --dry-run） |
| 1 | 源、状态库、输出文件、自检、日报校验或推送失败 |
| 2 | 配置或参数错误、缺少 SendKey（尚未发起网络请求） |

失败时会发生什么

- 单个源失败：其余源继续产出，collect 退出 0，日报页脚如实标 failed。
- 全部源失败：collect 退出 1，不推送假日报。
- 推送失败：每条消息默认重试 2 次；仍失败则写入 SQLite pending，下一次 live run 先补发。
- 空日报：默认发一条“今日没有匹配的检索条目”；push.send_empty: false 时跳过并退出 0。
- 完成标准：只有 push 退出 0 且 stdout 出现 [ok] push: 才算当天完成。

日报生成步骤需要一个能读候选池、跑命令的模型；采集、全文抽取、digest check、push 与 doctor 都是确定性脚本。

安全与隐私

- SERVERCHAN_SENDKEY 与 GITHUB_TOKEN 只从环境变量读取，不写进日报、日志、状态库或 git。
- secrets.env 权限应为 600；config.yaml、secrets.env、out/、state/ 都在 .gitignore 里。
- 错误信息会先脱敏；候选池不包含 Unpaywall 邮箱。
- 微信没有个人号 API，V1 只支持 Server酱；额度与限制以 Server酱官网为准。
- 启用 GitHub 源需要一个免费 token；Unpaywall 邮箱可选，留空只是少一条 OA 全文路径。
- 除采集请求与 ServerChan 推送外，不额外上传运行数据；本项目没有遥测。

项目结构 text skills/academic-digest/ # 源 skill：SKILL.md、references/、scripts/、academic_digest/ .dsh|.claude|.agents/skills/academic-digest/ # 三份生成副本（勿手改） docs/ # 命令、配置、开发记录、ADR、调研 tests/ # 离线 fixture 与测试 scripts/ # check / sync / check-skills / review-patch text config.example.yaml # 配置模板

运行数据 config.yaml、secrets.env、out/、state/ 留在仓库根，不跟着技能走。

FAQ 与已知限制

- Windows？ 用 WSL2；set -a; . ./secrets.env 是 bash 语法。
- 需要 API key 吗？ 采集与推送不需要 LLM key；写 3 + 7 日报需要你已登录的 Claude / Codex 订阅，或 DSH 里已配置的模型。GitHub 源需要一个免费 token。
- 为什么 bioRxiv / medRxiv 默认关？ 它们按日期区间全量拉取再本地过滤，量大；需要全量覆盖时再打开。
- 为什么只有 Server酱？ 微信没有个人号 API；V1 只做 ServerChan。
- 有云端定时或 GitHub Actions 定时吗？ 没有；定时只做本机调度与 DSH 看板卡（后者需 task-board 插件）。
- arXiv 偶尔超时？ 单个源失败仍会发日报并在页脚标注；不会为了重试而重跑整次采集。
- PDF 解析用什么？ PyMuPDF（AGPL-3.0）；HTML 用 beautifulsoup4 + lxml。再分发前请自行确认许可证兼容性。
- V1 没有什么？ Web UI、邮件、公众号、多用户、反馈闭环、动态补窗都不在范围内。

Star History

开发、致谢与许可

一次跑完全部检查（mypy、pyflakes、文档一致性、pytest）： bash scripts/check.sh

测试全部离线且固定 --now；命令行是唯一的测试缝。更多约定见 CODING_STANDARDS.md 与 docs/agents/code-review.md。

感谢 PubMed E-utilities、Europe PMC、arXiv、Research Square、GitHub API、Server酱、 PyMuPDF、BeautifulSoup 与 DSH 提供的接口和工具。

本项目以 MIT License 发布，作者 tf1993614。完整文档入口见 docs/README.md。