序列文件预览 wolfsonliu/dsh-file-explorer-preview-sequence

dsh-file-explorer-preview-sequence

为 dsh-file-explorer 增加 SeqViz 序列查看器 的 DSH Web 插件，覆盖其对 FASTA / GenBank / JBEI / SnapGene / SBOL 文件的纯文本预览。

在文件浏览器里选中 .gb / .fasta（或下列任意支持格式），预览面板即渲染交互式序列查看器，而非原始文本。

截图

| 深色主题 | 浅色主题 |
| 深色主题下的序列预览 | 浅色主题下的序列预览 |

特性

- 交互式查看器：基于 seqviz（<SeqViz>），由 seqparse 解析。
- 拓扑：环状 / 线性 / 并排 / 反向并排。
- feature 注释着色、搜索高亮、酶切位点、互补链与刻度开关、线性缩放。
- 状态栏：格式徽标 + 名称 + 类型 + 长度。
- 可选查看器：注册为具名 SeqViz 查看器（dsh-file-explorer v0.9.0+），出现在文件行的"打开方式…"菜单与预览面板切换器中 —— 可在歧义扩展名 .xml/.seq 上显式选择，或回退为纯文本。
- 文案双语（中文 / English）。
- 深浅主题自适应：跟随 DSH 的 data-ds-dark-theme。

支持的格式

| 扩展名 | 格式 |
| fasta fa fas fna faa ffn | FASTA |
| gb gbk genbank gp | GenBank / GenPept |
| dna | SnapGene |
| seq | JBEI SEQ |
| sbol xml | SBOL v1/v2 |

安装

从 Git 仓库安装

dsh plugin --profile web add github:wolfsonliu/dsh-file-explorer-preview-sequence
dsh web

从源码安装

git clone https://github.com/wolfsonliu/dsh-file-explorer-preview-sequence
cd dsh-file-explorer-preview-sequence
npm install
npm run build
dsh plugin --profile web add .
dsh web

依赖

本插件依赖 @dsh-external/dsh-file-explorer（v0.1.0+）—— 它注入 fileExplorer cordis 服务（registerViewer / registerPreview / writeFile / readRawFile）。请先安装并启用 dsh-file-explorer：

从 git 安装核心
dsh plugin --profile web add github:wolfsonliu/dsh-file-explorer

或，从源码安装
git clone https://github.com/wolfsonliu/dsh-file-explorer
cd dsh-file-explorer
npm install && npm run build
dsh plugin --profile web add .

本地开发时，本仓库的 devDependencies 用于让 tsc 解析 @dsh-external/dsh-file-explorer 的 ./client 类型定义；npm install 前请将其指向你自己的 checkout（或 registry 上发布的包）。

≤ 2 MiB 的文件插件直接解析 text 预览内容。SnapGene .dna（二进制）与 > 2 MiB 的大文件通过 readRawFile（dsh-file-explorer v0.1.0+ 已提供）处理。当 readRawFile 不可用时（旧版核心），插件自动降级：≤ 2 MiB 的文本格式仍可预览，.dna 与大文件显示暂不支持提示。

在 dsh-file-explorer v0.9.0+ 上，插件还会通过 registerViewer 注册为单个具名 SeqViz 条目，出现在"打开方式…"中；旧版核心则回退为逐扩展名的 registerPreview 注册。

限制

- 只读预览（不支持编辑）。
- SnapGene .dna 与 > 2 MiB 文件需 dsh-file-explorer v0.1.0+（旧版自动降级）。
- .xml 与 .seq 为歧义扩展名；非 SBOL / JBEI 的同扩展名文件会回退为纯文本显示。

开发

npm run check # tsc 类型检查
npm test # vitest 单元测试
npm run build # tsc + tsdown（单文件 lib/client.js，内联 seqviz + seqparse）

真实的 SeqViz canvas 无法在 jsdom 下运行；请用 dsh web 配合 examples/ 里的序列文件做冒烟验证。

npm run build 后请硬刷新浏览器（Ctrl/Cmd+Shift+R）：dsh web 可能仍缓存旧的插件 bundle，软刷新用不到最新构建。

许可

MIT