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dsh-academic-paper-search

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面向 DeepSeek Harness（dsh）的
Academic Paper Search 插件。它是一个薄适配 Bundle：安装官方
@deepseek-ai/dsh-mcp-client，再启动现有的 nature-academic-search Python MCP
服务。检索、去重、引用核验、引文图谱、试验分流和导出仍由同一套运行时负责，
不会复制第二份搜索逻辑。

DeepSeek Harness 当前仍是 developer preview。升级 DSH 或本 Bundle 后，请重新
执行文末的检查命令。

安装

准备：

- Node.js >= 22.19 和 pnpm（DSH 用它管理 profile 插件）
- DeepSeek Harness（@deepseek-ai/dsh）
- uv 提供的 uvx，并已加入 PATH
- 用于 NCBI 请求的联系邮箱

npm install --global @deepseek-ai/dsh pnpm
export PUBMED_EMAIL=researcher@example.com
dsh plugin --profile web add dsh-academic-paper-search
dsh web

无界面运行可以使用 headless profile：

dsh plugin --profile headless add dsh-academic-paper-search
dsh --profile headless

安装后需要重启目标 profile 才会挂载 Bundle。Python 服务由 MCP client 在 profile
激活时按需启动，查看包信息本身不会发起网络请求。

DSH 中的工具

Bundle 固定使用 academic_search namespace，模型看到的工具名是：

- mcp__academic_search__search_papers
- mcp__academic_search__get_paper_by_id
- mcp__academic_search__get_citation
- mcp__academic_search__lookup_mesh

默认论文检索跨 Crossref、PubMed、arXiv、OpenAlex 和 Europe PMC，并按 DOI、PMID、
PMCID、arXiv ID、OpenAlex ID 去重。Semantic Scholar 需要显式检索或富化；
ClinicalTrials.gov 使用 entity_type="trial" 单独查询，不与论文记录混合。调用
get_paper_by_id(include_relations=true) 可以继续取得 references / cited_by 引文关系。

环境变量与凭据

Bundle 会把下列变量转发给 Python MCP 进程。值来自启动 dsh 的环境，不会写入本包：

| 变量 | 用途 |
|---|---|
| PUBMED_EMAIL | PubMed 请求必需 |
| NCBI_API_KEY | 可选，提升 NCBI 速率上限 |
| CROSSREF_MAILTO | 可选，进入 Crossref polite pool |
| OPENALEX_API_KEY | 可选，提升 OpenAlex 配额 |
| SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY | 可选，提升 Semantic Scholar 配额 |

显式转发是有意设计：DSH 会清理子进程继承环境中形似凭据的变量，Bundle 的显式
配置才会保留它们。空值安全，对支持匿名访问的来源不会造成额外影响。

边界

- 本包不替代学术数据库，也不会把模型输出自动当作引用事实。报告应保留
sources_succeeded、sources_skipped、errors 和核验状态。
- 本包不增加第二套搜索实现。发布新 Python 版本时，应同步更新 Bundle 的
--from nature-academic-search==... 固定版本。
- 本包不连接 Google Scholar、Web of Science、Scopus、Embase、CNKI 或万方。
- 本包不要求可选的 WPIRONMAN AI 中转。中转可以辅助
workflow 计划或摘要级初筛，但不是学术来源，也不会参与 MCP 事实检索。

验证与升级

dsh --version
dsh --profile web --dump-config
npm view dsh-academic-paper-search version

升级时在目标 profile 中重新安装并重启：

dsh plugin --profile web add dsh-academic-paper-search@latest
dsh web

需要可复现部署时，请固定 Bundle 版本，并在更新前审阅
nature-academic-search==0.3.0 这一行。

许可证

MIT。本 Bundle 单独维护于
wp-a/dsh-academic-paper-search；
Python MCP 运行时位于
wp-a/nature-academic-search。