yeyuan98/bioresearcher-skills

bioresearcher-skills

skills.sh
License: Apache-2.0

Agent Skills（agentskills.io 开放标准），用于
借助 biomcp-ts
MCP 服务器开展生物医学研究——带引用的深度多方位研究、PubMed 每周
更新处理、uv Python 环境引导，以及自动化本地
运行时入门。可在 opencode、Claude Code、Codex、Cursor、Gemini CLI
以及所有读取 SKILL.md 的 harness 中运行。

Skills

| Skill | 功能 |
|---|---|
| bioresearcher-onboard | 在 .bioresearcher-runtime/ 中引导项目本地的 biomcp MCP 服务器运行时：下载便携版 Node.js 22（如缺失）、以快速镜像支持（官方或 npmmirror）vendor biomcp、配置可选功能（R、Biowasm、SQLite），并在 OpenCode、Claude Code、Cursor、ZCode、Pi、CodeBuddy 或 WorkBuddy 中注册该服务器。 |
| bioresearcher-plot-making | 生物医学可视化路由与绘图引擎：对研究数据进行分类，并生成可发表级别的科学图表（结构蛋白-结合剂复合物、构象动力学、文献方法摘要、发育案例登记表以及证据表），内置 QA 关卡。 |
| bioresearcher-deep-research | 通过 biomcp-ts 编排多方位生物医学研究（文献、试验、基因、变异、药物、疾病、专利、组学）：访谈 → 计划评审 → 分解 → 并行或顺序研究 → 带引用的 Markdown + HTML 报告。包含 18 份领域参考指南。 |
| bioresearcher-pubmed-weekly | 从 NCBI 下载过去一周的 PubMed 更新文件并解析它们（纯 Python 流式解析器，可处理  和 ），输出为一个 Excel 工作簿。 |
| bioresearcher-python-setup-uv | 引导项目本地的 uv 管理的 Python 环境（官方或中国镜像）。 |

安装

需要 biomcp-ts MCP 服务器——可使用
bioresearcher-onboard skill 自动引导它，或
参阅 docs/biomcp-ts-setup.md 进行手动接线。

任意 harness（skills CLI）：

npx skills add yeyuan98/bioresearcher-skills

如需立即运行入门引导：

npx skills add yeyuan98/bioresearcher-skills --skill bioresearcher-onboard

Claude Code（插件市场）：

/plugin marketplace add yeyuan98/bioresearcher-skills
/plugin install bioresearcher@bioresearcher-skills

安装该插件还会捆绑固定版本的 core-only biomcp MCP 服务器
（.claude-plugin/mcp.json）：它随插件自动启动——无需手动
.mcp.json——其工具以 mcp__plugin_bioresearcher_biomcp__ 的形式呈现。
需要 Node.js >= 22.13，且 npx 在 PATH 中（首次工具调用会付出
npx 下载的代价）。该插件还附带 bioresearcher-dr-worker 子代理，
供深度研究技能的并行扇出使用。仅在其他 harness 或全功能服务器变体
时才需要手动接线——而且手动注册不会与捆绑的注册去重（命令不同），
因此请通过 /mcp 禁用其中之一。有关权限模型，请参见
docs/biomcp-ts-setup.md。

纯 git clone（选择你的 harness 读取的目录）：
.opencode/skills/、.claude/skills/、.agents/skills/、.codex/skills/，
或 .gemini/skills/：

git clone https://github.com/yeyuan98/bioresearcher-skills .opencode/skills/bioresearcher-skills

Gemini CLI：gemini skills install https://github.com/yeyuan98/bioresearcher-skills（skills install 目前是预览渠道命令）。

WorkBuddy（连接器市场）： 同一服务器 + 技能以
WorkBuddy 连接器的形式发布——请参见 docs/connector-workbuddy.md。
从 v1.3.0 起的版本都带有一个 bioresearcher-connector_workbuddy-v.tar.gz
捆绑包，用于市场提交。

OpenCode（插件 / 连接器）： 同一服务器 + 技能 + 子代理以
OpenCode 插件的形式发布——请参见 docs/connector-opencode.md。
已发布到 npm，名称为 opencode-bioresearcher（在 opencode.json 中
"plugin": ["opencode-bioresearcher"]，或 opencode plugin opencode-bioresearcher）。版本还带有
一个 bioresearcher-connector_opencode-v.tar.gz 捆绑包，用于本地或离线安装。

DeepSeek Harness（插件 / 连接器）： 同一服务器 + 技能 + 子代理以
DeepSeek Harness（dsh）插件的形式发布——请参见 docs/connector-dsh.md。
版本带有一个 bioresearcher-connector_dsh-v.tar.gz 捆绑包，用于 profile
或 overlay 补丁安装（dsh plugin --profile web add ./bioresearcher）。

开发

node scripts/ci/lint-frontmatter.mjs   # strict-6 Agent Skills conformance
node scripts/ci/lint-agents.mjs        # plugin subagent frontmatter + manifest agreement
node scripts/ci/check-drift.mjs        # skills.json  metadata  CHANGELOG + VERSION slots
node scripts/ci/check-links.mjs        # links + duplicate headings
bash scripts/ci/check-bundle.sh        #  dist/
node scripts/ci/build-connector-opencode.mjs   # OpenCode connector bundle -> dist/
node scripts/ci/build-connector-dsh.mjs        # DeepSeek Harness 连接器包 -> dist/

CI（.github/workflows/ci.yml）会运行上述所有内容，外加官方
skills-ref 校验器以及本地 npx skills add ./ --list 发现
冒烟测试。当 VERSION 变化时，推送到 main 会自动触发发布
（发布说明从 CHANGELOG.md 中提取）。

实证 agent 测试

agent-test/ 包含一个统一的、手动运行的测试套件，它会驱动
真实的 opencode CLI 针对这些技能以及一个实时无密钥的 biomcp-ts MCP
服务器进行测试（会消耗 LLM token；绝不在 CI 中运行）：
bash
node agent-test/run.mjs --list
node agent-test/run.mjs --only skills-q01-discovery
node agent-test/run.mjs            # all cases

有关用例 schema 和
12 种机械检查类型，请参见 agent-test/README.md。同级插件测试套件：
- Claude Code 插件测试
- OpenCode 插件测试
- DeepSeek Harness 插件测试

文档

- biomcp-ts MCP 设置 — 接线、认证、速率限制
- 从 opencode 插件迁移 — 工具名称映射 + openFDA 降级
- 曝光清单 — 目录提交机制
- 演示与合作伙伴文档 — 双语（zh/en）Agent + MCP
发布文档，包含真实运行演示产物和一个自包含的
重放运行器（node demos/run-demo.mjs --list）；同一份材料也支撑
GitHub Pages 展示厅
（源文件：demos/website/，由 pages.yml 构建 — 请启用 Pages → Source：
GitHub Actions 一次）

许可证

Apache-2.0。提取并改造自
opencode-bioresearcher-plugin v1.7.2
（同一作者的个人项目）。