生物医学研究图谱zhang-bin-98/sci-fork

SciFork

发布工作流 DSH 插件 许可证：MIT

SciFork — Git 原生生物医学研究图谱：文献驱动、本地优先、历史可追溯。

拆分假设，连接证据，推进研究。

SciFork 是面向 DeepSeek Harness (DSH)
的本地、Git 原生生物医学研究图谱（Research Graph）插件。你仍然在 DSH Chat 中完成
所有对话界面，SciFork 则打开一个与 DSH 同源的图谱 Companion，帮助组织研究问题
（Research Question）、假设（Hypothesis）、证据（Evidence）、研究结果（Result）和
研究发现（Finding）。

研究项目（Research Project）始终是本地 Git 仓库中的普通 Markdown 和 JSON 文件。
图谱只是这些文件可重建的视图，不是另一个数据库；SciFork 不会上传项目，也不提供
云同步。

早期版本： SciFork 0.0.3 锁定 DSH 0.1.1-rc.2 的公开接口。

你可以做什么

- 把一个开放式研究问题整理成相互连接、便于检查的研究图谱。
- 导入以 PMID 或 DOI 标识的文献证据，也可以使用随插件提供的 Skill 检索 PubMed。
- 将研究团队产生的结果、对结果的解释和未经验证的假设清楚地区分开。
- 在 Main 视图查看整个项目，或在 Evidence 视图聚焦某个实体的直接证据断言。
- 点击 Research & Expand，从当前焦点（Focus）执行一次文献驱动的扩展。每次点击只执行
一步，最多产生五条直接相连的低置信分支。
- 每次成功修改研究内容后，尝试只为 SciFork 受管文件创建本地 Git 检查点。

安装

前置条件

- 使用 Web profile 的 DSH 0.1.1-rc.2
- Node.js ^22.19.0 || >=24.0.0
- pnpm 11.23.0（Git 源码构建需要 Corepack 及其 pnpm shim）
- 已配置 user.name 和 user.email 的 Git
- 配置为本机回环访问（127.0.0.1）的 DSH Web

从 GitHub 源码安装

安装前先启用 Corepack 的 pnpm 命令入口：

corepack enable pnpm

如果没有 corepack（包括 Node.js 25+ 的安装环境），先运行
npm install --global corepack，再启用入口。这能让内层
pnpm install 使用 SciFork 固定的版本。

遇到 ERR_PNPM_BAD_PM_VERSION 时，可能是 Git 依赖准备阶段调用了另一个
全局 pnpm，即使外层已使用 Corepack 也会失败。运行 corepack enable pnpm，
然后在使用该入口的终端中重试。在 SciFork 源码目录执行
corepack pnpm exec pnpm --version 应输出 11.23.0；
corepack pnpm verify:source 会检查这一点并执行隔离源码安装验证。

从 v0.0.2 开始支持源码安装。SciFork 没有 npm 包时，DSH Plugin Hub 会使用
该安装路径；安装过程会从 Git 源码在本地构建 dist/：

dsh plugin --profile web add git+https://github.com/zhang-bin-98/sci-fork.git

如果 pnpm 阻止 Git 依赖的 prepare 脚本，请把 DSH 输出中给出的精确
allowBuilds key 写入它提示的 profile pnpm-workspace.yaml，然后重新执行同一命令。
不要猜测或扩大允许范围。

安装完成后，如果 DSH 已经在运行，请重启 DSH。然后从希望作为 Research Project 的
目录启动 DSH：

dsh --profile web

从 GitHub Releases 安装

需要校验正式发布的 checksum，或不希望在本机构建源码时，请使用预构建安装包。

1. 从 GitHub Releases 页面下载
dsh-scifork-0.0.3.tgz 和 dsh-scifork-0.0.3.tgz.sha256。
2. 将两个文件放在同一目录，并校验安装包。

Linux：

sha256sum -c dsh-scifork-0.0.3.tgz.sha256

macOS：

shasum -a 256 -c dsh-scifork-0.0.3.tgz.sha256

Windows PowerShell：

$archive = 'dsh-scifork-0.0.3.tgz'
$expected = (Get-Content "$archive.sha256").Split()[0].ToLowerInvariant()
$actual = (Get-FileHash $archive -Algorithm SHA256).Hash.ToLowerInvariant()
if ($actual -ne $expected) { throw 'SHA-256 verification failed' }

3. 将已校验的安装包添加到 DSH Web profile。

dsh plugin --profile web add ./dsh-scifork-0.0.3.tgz

4. 从你希望作为 Research Project 的目录启动 DSH。

dsh --profile web

如果安装时 DSH 已经在运行，请重启 DSH。以后如需卸载，执行：

dsh plugin --profile web remove dsh-scifork

第一次使用

请选择不位于其他 Git 仓库内的目录，或者使用本身就是 Git 仓库根目录的目录。在 DSH
Chat 中对当前目录执行一次初始化：

/research init

SciFork 会创建项目文件；如果当前目录还不是 Git 仓库，则初始化一个本地仓库；然后记录
基线检查点。完成后，点击 DSH 侧栏中的 Research Graph 打开图谱 Companion。

一个典型的研究流程是：

1. 在 DSH Chat 中描述开放式生物医学问题。SciFork 会把它记录为研究问题，而不是直接
当作已成立的主张。
2. 请 DSH 检索相关文献，再将有依据的断言导入项目。随插件提供的 PubMed Skill 支持
PubMed 查询，也可以按 PMID 或 DOI 查找。
3. 打开 Research Graph，检查问题、证据、假设、结果、发现及其关系。
4. 选中一个实体，需要继续探索时点击 Research & Expand，执行一次有界扩展。
只有在当前 DSH Chat 中明确请求 Progressive Research Run，才会开始多层探索。
5. 将机器审核证据（machine-reviewed Evidence）接受为人工审核证据前，请先人工核对。
只有人工审核证据或已验证的研究结果才能支持研究发现。
6. 随时可以检查项目：

/research validate

图谱 Companion 用于浏览和检查。研究、纠正内容或修改图谱仍然通过 DSH Chat 提出。

数据与安全

SciFork 设计为在 DSH 本地 loopback Web 服务中使用。文献、PDF、模型输出和项目
Markdown 都会被视为不可信数据，Companion 不会自动加载远程内容。检索结果可能保留在
当前 DSH Chat 中，但 SciFork 不会把完整摘要或 PDF 保存到 Research Project。

提交或分享 Research Project 前，请检查其中是否包含 PHI、PII 或受控访问数据。完整的
数据和网络边界请参阅 SECURITY.md。

DSH 生态与分发

SciFork 遵循 DSH 的公开 bundle 规范：包导出 name 和 apply(ctx)，在
package.json#dsh.bundle 中声明 cordis.patch.yml，并可通过 DSH 插件命令安装。
DSH 建议公开插件仓库添加官方推荐的
dsh-plugin 话题，以便在生态中被发现。

独立社区目录 DSH Plugin Hub 会扫描该话题，并可能收录
符合条件的仓库。它由社区维护，不是 DeepSeek AI 运营或背书的官方市场。已经发布的
v0.0.1 仍然只支持 tarball；v0.0.2 及后续版本同时支持 GitHub 源码构建和带
checksum 的 GitHub Release tarball。SciFork 不发布到 npm。

许可证

SciFork 使用 MIT License。Research Project 数据可能有独立的所有权和分享条款。