文献检索助手 PHoenixs57/deepseek-aix

deepseek-aix

deepseek-aix 是一个面向科学研究的 AI 文献助手：用对话描述研究主题，agent 通过内置的多源文献检索服务（PubMed、arXiv、Semantic Scholar、Crossref 等）帮你搜集相关文献，并把结果整理成可折叠、可收藏的文献卡片。

deepseek-aix 以 DeepSeek Harness 为底座 fork 而来：保留其完整的 agent 基础设施（会话、工具、子代理、工作流、沙箱代码执行、Web GUI），并在此基础上新增文献能力 —— 多源文献检索服务、带分类文件夹的持久化收藏、皮肤中心、右侧面板，以及把检索结果和收藏渲染为卡片的一等公民 Web UI。

功能

文献检索

- 对话式文献检索：新建会话即默认进入 deepseek-aix 科研助手模式，用自然语言（中英文均可）描述研究主题，agent 会自动检索、去重、排序。
- 多源检索：通过内置 MCP 服务并行检索 PubMed、Europe PMC、bioRxiv/medRxiv、Crossref、OpenAlex、Semantic Scholar、arXiv 七个数据源。
- 自动去重与多轮合并：同一会话内多轮检索结果自动去重融合。
- 对话内论文卡片：每次检索结果渲染为卡片，包含作者、年份、期刊、摘要和 DOI/PMID/arXiv 标识。
- 全文获取：支持开放获取子集的全文检索与精读。
- 右侧文献面板：每轮对话结束后自动展开，汇总当前会话所有搜集到的文献。

文献收藏

- 带文件夹的收藏：跨会话把论文收藏进持久的个人收藏夹，在侧边栏中按分类文件夹管理。
- 跨会话持久化：收藏存储在服务端（$DSH_HOME/storages/literature_favorites.json），跨会话、跨浏览器保留。
- 文件夹管理：新建、重命名、删除分类文件夹，在文件夹之间移动文献。
- Agent 工具：agent 也可通过 literature_favorites_add/remove/list/folder_create/folder_rename/folder_delete/move 工具读写收藏。

皮肤中心

- 多主题皮肤：内置 blue-fantasy、dragon-heir、harbor、miku、minecraft、qq98、ths、trading、whale-song、xp、home 等多种 UI 皮肤。
- 实时预览：应用前可预览皮肤效果，一键切换。
- 可扩展：新皮肤可通过插件方式安装。

右侧面板（Aionui 面板）

- 文件浏览器：浏览工作区目录树，支持文件名搜索。
- 多标签预览：在多个标签页中预览文件（Markdown、图片、代码等）。
- 拖拽输入：从文件浏览器直接拖拽文件到对话输入框。
- 工作区门控：尊重当前工作区根目录。

文件 @ 引用

- 文件引用：在输入框中输入 @ 可引用工作区中的文件。
- 内联文件芯片：选中的文件以芯片形式显示在输入区域。

底层框架能力

- 工作区与文件管理：完整的文件系统访问，带沙箱权限控制。
- 沙箱代码执行：bash 和 PowerShell，带权限审批。
- 子代理与并行研究：派生子代理进行多任务并行研究。
- Goal 目标自动续跑：自主推进目标进度。
- 计划模式与任务拆解：结构化规划与执行。
- 持久会话、回放与多模型配置：历史对话持久化，灵活的模型选择。
- 插件化架构：一切皆插件，由 Cordis 驱动。

快速开始

环境要求

- Node.js ≥ 22
- pnpm
- DeepSeek API Key（配置在 ~/.dsh/.credentials.yaml）

从源码运行

git clone https://github.com/PHoenixs57/AixLab.git aixlab
cd aixlab
pnpm install
pnpm run build:lib
pnpm run build:web
pnpm dsh web --patch dev.cordis.yml

打开 http://127.0.0.1:3090，新建会话，试试：

"帮我搜集 IL-6 信号通路在类风湿关节炎中的最新文献，3 篇即可。"

开发迭代

客户端插件热更新：

pnpm run dev:web
pnpm dsh web --patch dev.cordis.yml

架构

aixlab/
├── apps/cli/config/agent-presets/aixlab/ # Production "deepseek-aix" preset
│ ├── preset.yml
│ ├── agent.cordis.yml
│ └── skills/literature-search/
├── presets/aixlab/ # Same content for customization
├── mcp/literature-search-mcp/ # Multi-source literature search MCP (stdio)
├── packages/
│ ├── literature/literature-favorites/ # Host plugin: favorites tools + panel
│ ├── literature/literature-attachments/ # Full-text retrieval service
│ ├── client/ui-literature/ # Client plugin: paper cards + favorites panel
│ ├── client/ui-aionui-panel/ # Right-side panel: explorer + preview + drag
│ ├── client/ui-skin-center/ # Skin management center
│ ├── client/ui-skin-*/ # Individual theme skins
│ └── client/ui-sidebar/ # Modified: sidebar.favorites slot
├── packages/api/remotes/ # literatureFavorites Remote registration
├── packages/bundle/web-app/ # Web app bundle with all integrations
└── dev.cordis.yml # Development overlay (port 3090)

模式与功能

| 功能 | 文献搜索模式 | 科研模式 |
| 对话式研究主题描述（中英文） | ✓ | ✓ |
| 多源文献检索（PubMed、Europe PMC、bioRxiv/medRxiv、Crossref、OpenAlex、Semantic Scholar、arXiv） | ✓ | — |
| 自动去重与多轮结果合并 | ✓ | — |
| 文献卡片（作者、年份、期刊、摘要、DOI/PMID/arXiv、开放获取标记） | ✓ | — |
| 收藏与分类文件夹（跨会话持久化） | ✓ | — |
| 全文获取（开放获取子集） | ✓ | — |
| 皮肤中心（多主题切换） | ✓ | ✓ |
| 右侧面板（文件浏览器、预览、拖拽输入） | ✓ | ✓ |
| 文件 @ 引用 | ✓ | ✓ |
| 工作区与文件管理 | ✓ | ✓ |
| 沙箱代码执行（bash / PowerShell） | ✓ | ✓ |
| 子代理与并行研究 | ✓ | ✓ |
| Goal 目标自动续跑 | ✓ | ✓ |
| 计划模式与任务拆解 | ✓ | ✓ |
| 持久会话、回放与多模型配置 | ✓ | ✓ |

配置

- MCP 服务位置：默认使用 mcp/literature-search-mcp/dist/server.js；可通过环境变量 AIXLAB_MCP_SERVER 覆盖。
- MCP 工作目录：通过 AIXLAB_MCP_DIR 环境变量覆盖。
- 默认预设：agent-presets.default: aixlab 配置在 packages/bundle/web-app/cordis.patch.yml 中；可在设置里改回 standard。
- 端口：dev.cordis.yml 使用 3090 端口，冲突时可修改。

测试

Literature favorites service
pnpm exec vitest run packages/literature/literature-favorites/tests/literature-favorites.spec.ts

Paper card model (client)
pnpm exec vitest run packages/client/ui-literature/tests/paper-model.client.spec.ts

GUI end-to-end smoke test (requires running server on 3090; playwright chromium)
node scripts/e2e-smoke.mjs

如需从仓库源码运行：

git clone https://github.com/PHoenixs57/deepseek-aix.git
cd deepseek-aix
pnpm install
pnpm run build
pnpm dsh web

社区与支持

- 欢迎通过 GitHub Discussions 提交反馈或 bug 报告。
- 欢迎加入 DeepSeek Harness 企微群：扫码添加企微小助手并填写入群问卷，完成后小助手会邀请你入群。

参与贡献

参见 CONTRIBUTING.md。

开发

请先阅读开发指南与架构文档。

面向 agent：请遵循 AGENTS.md。

许可证

MIT

第三方依赖及其许可证见 THIRD_PARTY_NOTICES.md。