分子结构查看器 PandaAIDD/dsh-molecule-viewer

dsh-molecule-viewer

DSH（DeepSeek Harness）分子结构查看器插件：传入分子文件路径或 PDB/SDF/MOL2/MOL 格式数据，在会话界面渲染交互式 3D 分子查看器（3Dmol.js，支持旋转/缩放/样式切换/着色）。

2AFW 蛋白质 cartoon 渲染效果

特性

- 🧬 四种格式：PDB（蛋白质/大分子）、SDF、MOL2、MOL
- 📁 路径优先：直接传文件路径，工具在服务端读取——Windows（D:\dir\x.pdb）、WSL（/mnt/d/dir/x.pdb）和 ~/ 写法都能自动识别互转
- 🖱️ 交互式查看器：旋转、缩放，实时切换 cartoon / stick / line / sphere 样式、背景色与分子着色
- 🔄 重启可恢复：查看器载荷随 tool/result 事件持久化，重启加载历史后照常渲染（依赖官方插槽，原版 harness 即可安装）
- ⚡ 轻量解析：Host 侧只做原子计数与校验，真正的解析渲染交给浏览器端 3Dmol.js
- 📦 本地打包 3Dmol.js：vendor/3Dmol-min.cjs（2.4.2）在构建时打进 client bundle —— 无 CDN 运行时请求，加载快、可离线、不受浏览器跟踪防护影响

安装

dsh plugin --profile web add git+https://github.com/PandaAIDD/dsh-molecule-viewer.git

重启生效：

dsh --profile web

安装后 view_molecule 工具自动可用，模型按工具描述自动调用。

dsh plugin 是 pnpm 转发器：克隆仓库 → 安装到 profile 的 node_modules → 检测到 dsh.bundle.patch 声明 → 自动加入 dsh.profile.bundles。peerDependencies 从 profile 的 healed node_modules 解析。

使用

对话中直接描述需求即可，模型会自动调用工具：

"帮我可视化这个分子：D:\project\Dock\data\3IPQ.pdb"

或明确要求：

"用 view_molecule 工具查看这段 SDF 数据：..."

支持的格式

| 格式 | 扩展名 | 说明 |
| PDB | .pdb .ent | 蛋白质/大分子（ATOM/HETATM 记录） |
| SDF | .sdf .sd | 多分子结构（V2000/V3000） |
| MOL2 | .mol2 | TRIPOS 格式 |
| MOL | .mol | MDL MOL（V2000/V3000） |

SMILES 暂不支持——需要含 3D 坐标的格式。

超过 2 MB 的分子内容不会内联进会话日志，查看器位置显示摘要卡片（原子数与格式仍然可见）。

工具参数

| 参数 | 类型 | 必填 | 说明 |
| path | string | 与 data 二选一（优先） | 分子文件路径，按用户原始写法传入即可（Windows/WSL 双向兼容，~/ 自动展开）；服务端直接读取，速度快 |
| data | string | 与 path 二选一 | 分子文件纯文本内容——仅用于磁盘上没有文件的情况（如聊天中粘贴的内容），不要 base64 编码 |
| format | pdb \| sdf \| mol2 \| mol | 传 data 时必填 | 输入格式；传 path 时按扩展名自动推断，可省略 |
| name | string | 否 | 显示名称（如 "1CRN"），作为查看器标题 |
| style | stick \| line \| sphere \| cartoon | 否 | 初始渲染样式（默认 stick；蛋白质建议 cartoon） |

License

MIT