科研全流程助手Yts1919/research-assistant

🔬 Research Assistant 科研助手

面向本科生 / 研究生 / 博士生的科研全流程 AI 助手插件（Skill）。
分步辅助 + 人在环 —— 不搞「一键生成论文」，每一步产出都可审查、可返工。

✨ 功能

科研写作的完整流程，一条龙覆盖：

| # | 子技能 | 能做什么 |
|---|---|---|
| 1 | 📚 literature-search | 跨 8 个源检索真实论文 + 分区/影响因子/免费PDF 标注 |
| 2 | 📖 paper-reading | 结构化精读论文，生成精读卡片 |
| 3 | 📝 literature-review | 生成带真实引用的文献综述 |
| 4 | ✍️ section-writing | 分节起草 + 多版本结果融合 |
| 5 | 🎨 figure-generation | 6 种方式出图（文生图/图生图/代码绘图/矢量图/流程图/仿真图）|
| 6 | 🔗 citation | 引文格式化（GB/T 7714 / APA / IEEE / MLA / 自定义）+ 文件夹批量扫描 |
| 7 | ✨ academic-polishing | 学术润色 / 改写 / 翻译 |
| 8 | 🔍 pre-review | 三位互盲审稿人模拟评审 |
| 9 | 🎯 proposal-writing | 开题报告 / 研究方案 |
| 10 | 📐 format-reformat | 按模板/要求改论文格式，可迭代预览 |

关键能力

- ✅ 全部来自真实公开数据源，不编造引用
- ✅ 期刊分区（中科院 / JCR / SJR）+ 影响因子自动标注
- ✅ 导出 Word (.docx) / LaTeX (.tex) / Markdown (.md) 三种格式，Word 与 LaTeX 两类用户都适用
- ✅ DeepSeek Harness 网页端有 10 个悬浮窗 + 总开关

🚀 安装

环境要求

- Python 3.9+（推荐 3.11+）
- 安装依赖：

pip install -r requirements.txt

说明：插件不依赖 python-docx / lxml（Word 读写用纯标准库 zipfile 实现，兼容性更好）。graphviz 出流程图需要额外装系统的 Graphviz 二进制。

方式一：DeepSeek Harness（推荐，含悬浮窗）

1. 克隆仓库：

git clone https://github.com/yts1919/research-assistant.git

2. 把整个 research-assistant/ 目录放进 DSH 的 skills 目录：

Windows
xcopy /E /I research-assistant "%USERPROFILE%\.dsh\skills\research-assistant"

macOS / Linux
cp -r research-assistant ~/.dsh/skills/research-assistant

3. 配置（见下方 ⚙️ 配置）。

4. 重新打开 DSH，对 Agent 说「帮我检索 xxx 的文献」即可触发。

悬浮窗是 DSH Web 专属增强，部署步骤见 🪟 悬浮窗部署。

方式二：其他 Agent（Claude Code / Codex 等）

把 research-assistant/ 目录放进对应 skills 目录即可，插件本身可移植（悬浮窗之外的功能照常以文本输出）：

| Agent | skills 目录 |
|---|---|
| Claude Code | ~/.claude/skills/ |
| Codex | ~/.codex/skills/ |
| Cursor / 其他 | 各自的 skills 目录 |

方式三：插件商店 CLI

npx skills add yts1919/research-assistant --skill '' -y --copy -g

本插件是单一 Skill（根目录 SKILL.md 为路由，skills/ 下是内部子技能）。CLI 若把子技能也当作独立 skill 列出，用根技能名 research-assistant 即可。

⚙️ 配置

复制示例配置并填写：

cp config.example.json config.json

需要 Key 的部分

| 功能 | 配置项 | 环境变量 | 说明 |
|---|---|---|---|
| 图像生成 | image_gen.api_key | DASHSCOPE_API_KEY / IMAGE_GEN_API_KEY | 文生图 / 图生图 |
| 摘要翻译 | llm.api_key | DEEPSEEK_API_KEY / LLM_API_KEY | 检索结果摘要中英互译 |

✅ 文献检索、引文格式化、分区查询无需 Key，直接走公开 API。

完整配置示例（config.json）

{
"image_gen": {
"provider": "qwen",
"base_url": "",
"api_key": "你的图像模型 Key",
"model": "wanx2.1-t2i-turbo"
},
"llm": {json
"provider": "deepseek",
"base_url": "https://api.deepseek.com",
"api_key": "你的文本模型 Key",
"model": "deepseek-chat"
},
"search": { "translate": true, "bilingual": true },
"panel": { "...": "指向 dsh-web-frontend/dist 的各面板 json 路径" },
"figure": { "output_dir": "...", "json_path": "..." },
"citation": { "json_path": "...", "formats_json": "..." }
}

🎨 图像生成：如何用「更好」的大模型

默认用阿里云通义万相（免费额度多、速度快）。想换质量更好的模型，改 config.json 的 image_gen 段即可：

① 通义万相（默认，DashScope）

| 模型 | 特点 |
|---|---|
| wanx2.1-t2i-turbo | 快，适合批量出草图（默认）|
| wanx2.1-t2i-plus | 更精细、质量更高，适合正式配图 |
json
"image_gen": {
"provider": "qwen",
"api_key": "sk-你的DashScopeKey",
"model": "wanx2.1-t2i-plus"
}

② 硅基流动 SiliconFlow（开源大模型，FLUX / SDXL）
json
"image_gen": {
"provider": "siliconflow",
"base_url": "https://api.siliconflow.cn/v1",
"api_key": "sk-你的SiliconFlowKey",
"model": "black-forest-labs/FLUX.1-dev"
}

| 模型 | 特点 |
|---|---|
| black-forest-labs/FLUX.1-schnell | 快（默认）|
| black-forest-labs/FLUX.1-dev | 质量更好（推荐）|
| stabilityai/stable-diffusion-xl-base-1.0 | 经典 SDXL |
| Kwai-Kolors/Kolors | 中文理解强 |

③ OpenAI（DALL·E 3 / gpt-image-1）
json
"image_gen": {
"provider": "openai",
"base_url": "https://api.openai.com/v1",
"api_key": "sk-你的OpenAIKey",
"model": "gpt-image-1"
}

命令行临时切换（不改配置）
bash
python tools/image_gen.py "示意图描述" --provider siliconflow --model black-forest-labs/FLUX.1-dev --size 1024x1024

💡 图生图：python tools/image_gen.py "改风格描述" --mode img2img --ref 参考图.png
💡 提示词越具体越好（对象、风格、视角、细节），带文字的示意图优先用 Graphviz 而非文生图（文字会画错）。

📖 使用示例

对 Agent 说：
text
「帮我检索『深度学习 故障诊断』的文献」
「把这篇 PDF 精读一下」
「写一篇关于『xxx』的文献综述」
「把这个模型的框架图画出来」
「这个 DOI 转成 GB/T 7714 格式」
「帮我按这个期刊模板改论文格式」

🪟 悬浮窗（DSH Web 专属）

DSH 网页界面里，各功能结果会出现在右侧悬浮窗（互斥打开 + 「科研助手」总开关整体启停）。

| 悬浮窗 | 面板脚本 | 数据 JSON | 写数据的工具 |
|---|---|---|---|
| 📚 论文（检索结果） | web/papers-panel.js | papers-panel.json | tools/search.py |
| 📖 精读（论文卡片） | web/paper-panel.js | paper-panel.json | tools/paper.py |
| 📝 综述 | web/review-panel.js | review-panel.json | tools/review.py |
| ✍️ 写作（分节） | web/section-panel.js | section-panel.json | tools/section.py |
| 🎨 图表 | web/figure-panel.js | figure-panel.json | tools/image_gen.py |
| 🔗 引用 | web/citation-panel.js | citation-panel.json | tools/cite.py |
| ✨ 润色 | web/polish-panel.js | polish-panel.json | tools/panel.py |
| 🔍 审稿 | web/prereview-panel.js | prereview-panel.json | tools/panel.py |
| 🎯 开题 | web/proposal-panel.js | proposal-panel.json | tools/panel.py |
| 📐 格式修改 | web/reformat-panel.js | reformat-panel.json | tools/reformat.py |

悬浮窗部署（在 DSH Web 前端 dist 里）

一键部署（推荐）：把插件装到 skills 目录后，进入插件目录运行部署脚本，自动完成复制 js + 注入 index.html + 配置路径：
bash
cd ~/.dsh/skills/research-assistant   # 或你的安装目录

python deploy.py                      # 自动查找 DSH 前端 dist
或手动指定：python deploy.py --dist

Windows 用户可直接双击 deploy_windows.bat。

手动部署（脚本不可用时）：

1. config.json 的 panel 段填好各 _json_path（指向 DSH 前端 dist/）；
2. 把 web/ 下所有 .js 复制到 dsh-web-frontend/dist/；
3. 在 dist/index.html 的  前注入脚本，dsh-panels-core.js、dsh-export.js 必须排最前：
html

4. 强刷（Ctrl+F5）网页。

💡 各悬浮窗「导出」都支持 Word / LaTeX / Markdown；dsh-export.js 提供共享的纯前端 docx/latex 生成器。

📁 目录结构

research-assistant/
├── SKILL.md                 # 主入口（路由 10 个子技能）
├── skills/                  # 子技能（每个含 SKILL.md）
├── tools/                   # 底层 Python 脚本（9 个）
├── web/                     # DSH 悬浮窗脚本（10 面板 + core + export）
├── data/                    # 期刊分区数据（中科院/JCR/SJR + 中文刊名对照）
├── config.example.json      # 配置模板（空占位符）
├── requirements.txt         # Python 依赖
├── deploy.py                # 一键部署悬浮窗（跨平台）
├── deploy_windows.bat       # Windows 双击部署
├── .gitignore
└── LICENSE

🔒 安全说明

- 仓库只含 config.example.json（空占位符），不含任何真实 API Key；
- 本地配置放 config.json，已被 .gitignore 排除，不会上传。

📄 许可证

MIT