靶点批量预测 YumeAyai/dsh-swiss-target

SwissTargetPrediction 批量预测 — DeepSeek Harness 插件与 agent 技能

在 DeepSeek Harness 中，使用 SMILES 字符串自动完成对 SwissTargetPrediction 的批量查询。该插件提交分子、轮询每个预测任务，并返回预测的蛋白质靶点——靶点名称、通用名、UniProt 和 ChEMBL id、靶点类别、概率以及已知活性物数量（3D/2D）——作为 agent 的工具、Web UI 中的面板，以及会话工作区中的 CSV。SKILL.md 是面向 agent 的技能文件，说明何时以及如何使用它。

非官方。 与 SwissTargetPrediction 或 Swiss Institute of Bioinformatics 无隶属关系。预测数据和参考数据归其所有；请遵守其服务器使用政策，并引用 Daina, Michielin & Zoete, Nucleic Acids Research 47(W1), W357–W364 (2019)。

功能

- 批量提交 SMILES 字符串，并自动轮询每个任务
- 靶点名称、通用名、UniProt id、ChEMBL id、靶点类别、概率、已知活性物数量（3D/2D）
- 重复的 SMILES 会合并为一个任务；提交之间设有礼貌的延迟
- CSV 写入会话工作区，并在面板中提供客户端 CSV 导出
- min_probability / top_n 让批量结果保持可读，organism 用于选择蛋白质组
- 同一实现提供三种入口：工具、/swiss 命令、Web 面板
- 英文和中文 UI 文案

安装

作为 Harness 配置文件中的插件：

dsh plugin --profile add /absolute/path/to/this/directory

作为 agent 技能（同一目录可作为技能包使用）：

git clone https://github.com/YumeAyai/dsh-swiss-target.git ~/.dsh/skills/dsh-swiss-target

该包没有依赖项，也没有构建步骤，因此两种方式都只是复制。

用法

Agent 工具

swiss_target_batch(smiles=["CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C"], top_n=25)

| 参数 | 默认值 | 含义 |
| smiles | — | 要提交的分子，每个字符串一个（每次调用最多 25 个） |
| organism | Homo_sapiens | 还可选 Mus_musculus、Rattus_norvegicus |
| output_csv | swiss_target_results.csv | 相对于会话工作区，或绝对路径 |
| min_probability | 0 | 丢弃低于此概率的预测（0..1） |
| top_n | 0 | 每个分子最多保留 N 条预测；0 表示全部保留 |
| timeout_seconds | 120 | 每个分子等待其预测的时间 |
| poll_interval_seconds | 5 | 对同一任务两次轮询之间的间隔 |
| delay_seconds | 2 | 两次提交之间的暂停——请保留 |

会话命令

/swiss CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O
/swiss {"smiles":["CCO","c1ccccc1"],"organism":"Homo_sapiens","topN":25}

每行一个 SMILES（# 开始注释），或面板发送的 JSON 载荷。

面板打开一个会话，在对话视图标签页中选择 SwissTarget，每行粘贴一个 SMILES，设置生物体 / 最低概率 / 每个分子的靶点数，运行，然后读取表格或按 Export CSV。该批次也会由宿主写入工作区。

示例输出

| Target | Common name | Uniprot ID | ChEMBL ID | Target Class | Probability* | Known actives (3D/2D) | input_smiles |
| Cyclooxygenase-1 | PTGS1 | P23219 | CHEMBL221 | Oxidoreductase | 0.756 | 13 / 2 | CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O |

重要说明

- 速率限制。 该服务会对突发请求进行限流：在一连串提交之后，它会在一段时间内返回无任务的页面。客户端会对每个分子重试三次，然后将该分子报告为失败并附上原因，同时保留批次中的其余分子。请稍等，然后重试失败的分子。
- 上限。 一次调用最多提交 25 个分子；该服务对每个分子最多返回其前 100 个靶点。
- 时序。 提交是顺序进行的，之间有 2 秒的暂停；一个分子通常需要 5–60 秒。
- 生物体。 Homo_sapiens（默认）、Mus_musculus、Rattus_norvegicus。
- 预测，而非证据。 不要将它们作为测量结果呈现。

布局

SKILL.md Agent skill: when and how to run the batch prediction
index.js Host half: swiss_target_batch tool + /swiss command
lib/swiss-api.js HTTP conversation with the service and HTML table parsing
lib/batch.js Batch orchestration shared by both callers
lib/csv.js CSV rendering
client.js Browser half: the SwissTarget conversation-view panel
cordis.patch.yml Bundle patch inserting this package's row
locale/{en,zh}.json Plugin-manager display metadata
references/ Service notes and install verification
scripts/ verify-plugin.mjs — check what a live profile loaded legacy/ The original Python client this plugin was ported from

验证

node scripts/verify-plugin.mjs --module @yumeayai/dsh-swiss-target --client

打印该行的 fiberPhase、该 bundle 的状态，以及浏览器端是否被提供。参见 references/verification.md。

许可证

ISC — 参见 LICENSE。移植的 Python 客户端版权归 2026 YumeAyai 所有；预测和数据归 SwissTargetPrediction / SIB 所有。