sagirimo/BioDSH

面向医生与湿实验科学家的生信智能体桌面端——构建于 DeepSeek Harness 之上。

一切皆插件，分析只需一句话。

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BioDSH 是一个一键安装的桌面软件，把生信智能体交到不用命令行的人手里。把数据拖进去，用大白话说你想干什么，直接读结论。全程在本地运行，不改动你的原始文件，也可以在医院/实验室内网里完全离线运行。

它是对 DeepSeek Harness（dsh） 的一层友好封装：智能体运行时、插件系统、可复现的会话日志都来自 dsh。BioDSH 在此之上加了面向医生的界面、一个生信技能商店、一套自带的 Python 分析环境，以及若干经过评测的官方技能。

下载

到 最新发行版 拿安装包：

| 平台 | 文件 | 说明 |
| --- | --- | --- |
| Windows 10/11 | BioDSH__x64-setup.exe | 双击安装。首次运行点「更多信息 → 仍要运行」。 |
| macOS 12+（Apple 芯片） | BioDSH__aarch64.dmg | 未签名——见下方 macOS 说明。 |
| Linux | BioDSH__amd64.deb | Debian/Ubuntu。 |

macOS 用户注意: BioDSH 没有 Apple 开发者签名,macOS 可能提示 「已损坏,无法打开」*。这不是真的损坏,是 Gatekeeper 拦截未签名应用。把 BioDSH 拖进「应用程序」,然后打开「终端」运行:

sudo xattr -cr /Applications/BioDSH.app

输入开机密码(不显示,直接回车)后再打开 BioDSH 即可。每次安装只需做一次。

软件会在后台检查新版本，发现后提供一键 下载 → 校验签名 → 安装 → 重启。不上传任何东西；更新源就是本仓库的 latest.json。

能做什么

- 一切皆插件。 收编了开源社区里最好的生信技能——2,000+ 社区技能按 10 个领域整理——外加几个评测过、可离线、可复现的官方技能。想要的能力，点一下就装上。
- 每一次分析都有迹可循。 模型看到的一切都写进只追加的会话日志。对话里中间步骤折成一行、可逐级展开；对话可导出给导师或审稿人。
- 四个真实示范项目 随软件自带：单细胞分析与作图、文献调研、公共数据库抓取、电脑控制与 Zotero。
- 不用编程。 自带一键 Python 分析环境（scanpy、anndata、pandas、matplotlib）；需要它的技能装一次即可。
- 电脑控制。 智能体能用真实的鼠标键盘操作其它软件（Excel、Prism、SPSS……），屏幕上有醒目的「BioDSH 正在控制电脑」提示。
- 数据安全与离线。 原始文件从不改动，每次分析写进一个新子文件夹。纯离线模式只连本地或内网的模型接口，不发起任何外网请求。

工作原理

┌────────────────────────────────────────────┐
│  BioDSH（Tauri 桌面外壳）                    │
│  • 面向医生的界面（React）                   │
│  • 技能商店 · 数据页 · 分析环境              │
│  • 自带 Python + 官方技能                    │
│  ┌──────────────────────────────────────┐  │
│  │  DeepSeek Harness（dsh）              │  │
│  │  智能体运行时 · 插件 · 会话日志         │  │
│  └──────────────────────────────────────┘  │
└────────────────────────────────────────────┘

一个「技能」就是一个 dsh 插件：一个包含 SKILL.md（给智能体看的说明）和可选脚本的文件夹。官方技能在 biodsh-core/skills/，桌面 App 在 desktop/。

配合原版 DeepSeek Harness 使用

BioDSH 的官方技能就是标准的 dsh 原生 SKILL.md 技能——不需要 BioDSH 这个 App，原版 dsh 会自动识别。dsh 会扫描若干技能目录，最简单的是项目内的 .agents/skills/：

git clone https://github.com/sagirimo/BioDSH
cd BioDSH
把技能复制进你的 dsh 项目（或在该项目里直接跑，写入 ./.agents/skills）
./scripts/install-into-dsh.sh /你的/dsh项目/.agents/skills
加 --global 则装到 ~/.agents/skills

Windows 用 scripts/install-into-dsh.ps1。之后从这个工作区启动 dsh，BioDSH 的技能就能用了。（单细胞/作图类技能需要 PATH 上有带 scanpy、anndata、pandas、matplotlib 的 Python 环境。）

从源码构建

前置：Node.js 22+、Rust（stable），以及各平台的 Tauri 依赖（Linux 上：libwebkit2gtk-4.1-dev libappindicator3-dev librsvg2-dev patchelf）。

cd desktop
npm ci                        # 安装依赖
node scripts/stage-dsh.mjs    # 准备 dsh 运行时
node scripts/sync-skills.mjs  # 官方技能 → resources + 商店目录
npm run tauri dev             # 运行
或完整打安装包：
npm run tauri build

发布配方在 docs/release.workflow.yml——把它复制到 .github/workflows/release.yml，再打一个形如 desktop-tauri-v0.2.1 的 tag，即可为所有平台构建安装包并发布带 latest.json 的发行版。自动更新签名需要两个仓库 Secret，见该文件顶部注释。

目录结构

| 路径 | 内容 |
| --- | --- |
| desktop/ | Tauri 桌面 App——React 界面（src/）、Rust 后端（src-tauri/）、构建脚本（scripts/）、商店目录（store/）。 |
| biodsh-core/skills/ | 随软件发布、经过评测的官方技能。 |
| desktop/resources/ | 打包进软件的资源：分析环境规格、示范项目会话、辅助脚本。 |

许可

BioDSH 自身代码采用 MIT。打包及下载的组件——DeepSeek Harness、社区技能、Python 工具链与依赖包——各自保留其许可。

致谢

构建于 DeepSeek Harness。BioDSH 是独立项目，与 DeepSeek 无隶属关系，也未获其背书。