三方论文协作 xionglovetian/research-collab

research-collab

把 Codex（定科研路线）→ DeepSeek Harness（实施研究）→ 豆包（定怎么讲 + 写作） 串成一条可追溯的科研协作流水线。

一个 DeepSeek Harness Skill：用公共区 + 对话文件 + 证据台账，让三个互相看不见的 AI 工具协作写出一篇数字不出错、路线不跑偏的论文。

flowchart TB
SH["shared/ 公共区 · 三方共读route.md · outline.md — 仅 Codex 写chat.md — 三方追加，永不修改decisions.md — 已裁决结论*.sha256 — 冻结锚点"]

CX["Codex定科研路线与大纲"]
DS["DeepSeek Harness实施研究 · 对账"]
DB["豆包电脑版定怎么讲 · 写正文"]

SH <-->|"路线 · 大纲"| CX
SH <-->|"结果 · 台账"| DS
SH <-->|"叙事 · 决策"| DB

classDef codex fill:#eff6ff,stroke:#2563eb,stroke-width:2px,color:#0f172a
classDef dsh fill:#ecfdf5,stroke:#059669,stroke-width:2px,color:#0f172a
classDef db fill:#fff7ed,stroke:#ea580c,stroke-width:2px,color:#0f172a
classDef shared fill:#0f172a,stroke:#0f172a,color:#f8fafc
class CX codex
class DS dsh
class DB db
class SH shared

上图由 Mermaid 在 GitHub 端渲染；带配色的详细版见文末 详细流程图

English summary · 快速开始 · 它到底防什么事故 · 目录结构

它到底防什么事故

三个 AI 工具之间没有接口，也没有共享记忆。真实发生的翻车不是"文笔不好"，而是：

| 事故 | 后果 |
| 豆包为了让句子通顺，把 92.3% 写成"超过九成" | 审稿人一核对就挂 |
| 把"估计/假设"写成"证明" | 学术不端风险 |
| Codex 定的路线，写到第三节已经悄悄跑偏，没人对账 | 全文返工 |
| 三个工具各记各的对话，换个窗口全部丢失 | 重复劳动 |
| 第三轮改稿覆盖了第二轮 | 上一版没了 |

本 Skill 的解法很朴素：所有交接走文件，所有数字走台账，所有阶段有门，所有分歧进对话。

三个角色

| 工具 | 负责 | 明确不做 |
| Codex | 科研路线、技术路线、创新点、实验设计、章节大纲、路线变更裁决、审稿意见 | 写代码、编数据、从零写大段正文 |
| DeepSeek Harness | 按路线实施研究（代码/数据/统计/作图）、证据台账、一致性校验、生成交接包、组装交付物 | 擅自改路线、凭空补数据、定文风 |
| 豆包电脑版 | ①叙事反馈：读结果，判断论文该写什么、哪些结论还写不出来；②章节初稿与中文润色 | 新增数字/文献/结论、把假设写成实证 |

DSH 是调度者——因为三个工具里只有它能可靠读写磁盘、执行代码、跑校验。

两条通道

1. 公共区 —— 三方共读，路线只有 Codex 写

位置由你自己定（项目内 shared/、共享盘、网盘同步目录都行），建立后在 state.yaml 的 shared_dir 里登记。脚本不代建目录。

<shared_dir>/
├── route.md outline.md changelog.md ← 仅 Codex 写 ├── chat.md ← 三方追加（唯一例外） ├── decisions.md ← DSH 沉淀裁决 └── route.sha256 outline.sha256 ← 冻结锚点

三个工具通常跑在同一个操作系统用户下，文件权限区分不了它们，所以"只有 Codex 能改"没有技术强制力。这里用可检查的机制替代：

- 路线定稿后 check_shared.py --freeze 写入 sha256
- DSH 每次动工前 --verify，哈希不符就停手问人，绝不在被改过的路线上继续实施

[✓] route.md 匹配 594e8077f787 [!] outline.md 与冻结版本不一致——公共区被改动过冻结时 a5d3256ac063 当前 9f2e11b8c4a0 非 Codex 改动会导致此结果。停手：先问用户，或查 changelog.md / chat.md。
结论：不通过——不要在哈希不符的路线上继续实施。

2. 对话 shared/chat.md —— 三方共用一份 append-only 对话

带编号、类型、@寻址、回应、关闭，机器可判定"谁还在等谁"：

#003 · 2026-10-17 12:02 · codex · 裁决

@dsh
回应: #002

走方案 ②，只用省级年鉴，台账 strength 标 literature，allowed_in 只给 intro;discussion。

$ python check_shared.py --for dsh
== 等待 @dsh 回应的消息 == #006 · 2026-10-17 19:00 · user · 裁决 @codex @doubao @dsh 关闭: #005 不做机制，按豆包的主故事写…

共 6 条消息，下一个编号 #007

流水线

flowchart LR
G0["G0立项"] --> G1["G1路线"] --> G2["G2大纲"] --> G3["G3实施研究"] --> G4["G4叙事反馈"] --> G5["G5成稿"] --> G6["G6审核"] --> G7["G7交付"]

classDef you fill:#f1f5f9,stroke:#64748b,stroke-width:2px,color:#0f172a
classDef cdx fill:#eff6ff,stroke:#2563eb,stroke-width:2px,color:#0f172a
classDef dsh fill:#ecfdf5,stroke:#059669,stroke-width:2px,color:#0f172a
classDef db fill:#fff7ed,stroke:#ea580c,stroke-width:2px,color:#0f172a
class G0 you
class G1,G2,G6 cdx
class G3,G7 dsh
class G4,G5 db

■ 你 ■ Codex ■ DeepSeek Harness ■ 豆包电脑版

G4 是本流程的关键设计：Codex 定「研究什么」，豆包定「这些结果该怎么讲」。两者分开，才不会出现：

- 数据做出来了，但论文写成流水账（没人判断主故事）
- 大纲很漂亮，但关键结论没有结果支撑（没人核对证据）

豆包在这一棒只能提建议并附 claim 编号，不能改写大纲；冲突交 Codex 裁决。

证据纪律

正文和叙事反馈里每一个数字都必须在 04_results/claims.csv 中查到一行，并带强度标签：

| 强度 | 含义 | 允许措辞 | 允许位置 |
| measured | 本研究直接测得 | 提高/降低/达到 | 结果、摘要、讨论 |
| derived | 由 measured 计算得出 | 据此推算/折算 | 结果、讨论 |
| literature | 他人已发表 | 已有研究表明（须引文） | 引言、讨论 |
| assumption | 假设或估算 | 估计/假定/大约 | 讨论、局限性；禁止进摘要 |

claim_check.py 自动抓三类违规：

[✗] 未匹配数值 1 处 —— 疑似编造，必须逐条处理：
· 87.5 …本研究证明，处理组产量提升了 87.5%…
[!] 强度违规 2 处：
· [assumption-in-abstract] C05 强度为 assumption，不得出现在摘要/结论中
· [strength-upgrade] C05（assumption）被写成「证明」
结论：不通过

安装

Windows

git clone https://github.com/xionglovetian/research-collab.git
cd research-collab
.\install.ps1 -Codex # -Codex 表示同时让 Codex 可见

macOS / Linux

git clone https://github.com/xionglovetian/research-collab.git
cd research-collab
./install.sh --codex

DSH 读取 ~/.agents/skills，Codex 读取 ~/.codex/skills；脚本用目录联接/软链指向同一份，改一处两边生效。

只安装不链接：去掉 -Codex / --codex。

快速开始

公共区由你自己建立——它是三方交换文件的中枢，放哪由你决定：项目内 shared/，或共享盘 / 网盘同步目录。脚本只往里放模板，不会替你建目录。

1) 你自己建公共区（脚本不代建）
mkdir "<项目目录>\shared"
或放在共享盘：mkdir "D:\OneDrive\科研共享\本项目"

2) 初始化项目，并告诉脚本公共区在哪
python "<SKILL_DIR>/scripts/init_workspace.py" "<项目目录>"
--title "题目" --target "中文核心期刊" --shared-dir "<项目目录>\shared"

生成：

<项目目录>/ 公共区（你建的，位置任意） ├── 00_brief/ 02_data/ 03_code/ ├── route.md outline.md ├── 04_results/ 05_draft/ ├── chat.md decisions.md ├── 06_review/ 07_final/ handoffs/ └── changelog.md ├── state.yaml ← 记下 shared_dir └── README.md

若 --shared-dir 指向的目录不存在，脚本会报错退出并给出 mkdir 指令，绝不替你创建。之后所有脚本从 state.yaml 的 shared_dir 自动定位公共区（也可用 --shared 临时覆盖）。

在 DSH 里说：

用 research-collab 开一个新项目，题目是「施肥强度对水稻产量稳定性的影响」，投中文核心期刊

DSH 会陪你填 brief.md，然后逐棒推进。每一步的提示词包存在 handoffs/，任何工具换个新会话都能顺着文件接手。详见 examples/walkthrough.md。

脚本

| 脚本 | 作用 |
| scripts/init_workspace.py | 初始化项目骨架，并把模板放进你自己建的公共区（--shared-dir）。只创建缺失文件，永不覆盖 |
| scripts/make_brief.py | 自动生成交接提示词包（--stage G1/G4/G5 --to codex/doubao），从路线、大纲、台账拼装；加 --via api 可直接调用豆包模型并落盘 |
| scripts/doubao_api.py | 豆包模型调用封装（火山方舟 OpenAI 兼容接口），供 --via api 使用；也可单独当命令行用 |
| scripts/check_shared.py | --freeze 冻结路线哈希；--verify 校验是否被改；--for <agent> 列出等谁回应；--tail N 看最近对话 |
| scripts/claim_check.py | 核对草稿数字与台账，检测强度升级，列出未使用证据。退出码 1 可直接当门禁 |

三个脚本都无第三方依赖，Python 3.8+，Windows / macOS / Linux 通用。

目录结构

research-collab/
├── SKILL.md # 路由：通道、分工、权限、流水线、纪律 ├── references/ │ ├── chat-protocol.md # 对话协议：编号/类型/@寻址/回应/关闭 + 六个完整示例 │ ├── handoff-templates.md # 给 Codex / 豆包的提示词包模板（含 G4 叙事反馈包） │ ├── evidence-ledger.md # 台账字段、强度阶梯、常见坑 │ └── workspace-layout.md # 目录树、文件契约、state.yaml 全字段 ├── scripts/ # init_workspace / make_brief / check_shared / claim_check ├── templates/ # 新项目模板（brief/route/outline/chat/decisions/...） ├── examples/walkthrough.md # 一次完整的端到端演练 ├── integrations/doubao.md # 豆包怎么接入（它装不了 Skill，只能收文本） ├── docs/ │ ├── flow.png # 详细流程图（文末「详细流程图」引用） │ ├── flow.svg # 同图矢量版 │ └── make_flow.py # 生成上面两张图的脚本，改布局跑它即可 ├── install.ps1 install.sh └── LICENSE

改流程图：编辑 docs/make_flow.py 里的常量后 python docs/make_flow.py，再用浏览器（或 msedge --headless --screenshot=docs/flow.png --window-size=1200,840 docs/flow.svg）重新导出 PNG。

详细流程图

带配色、三方职责、G0–G7 流水线与三条防线的完整版（PNG / SVG 源文件在 docs/）。

展开查看大图

若展开后是空白，说明你的网络访问不到 raw.githubusercontent.com（GitHub 的图片 CDN，它与 camo.githubusercontent.com 在部分网络下不可达）。仓库里的 docs/flow.png 与 docs/flow.svg 文件本身完好，克隆到本地即可查看；页面顶部的 Mermaid 图与它内容等价。

设计取舍

- 为什么不用数据库或 API：三个工具里有两个是图形应用，没有接口。文件是唯一三方都能读、人能审、git 能留痕的载体。
- 为什么 chat 不能改：能改的对话等于没说过。要推翻就追加一条，历史留档。
- 为什么叙事反馈单独一棒：写作决策（讲什么）与写作执行（怎么写）混在一起时，两边都会偷懒。
- 为什么不自动改写数字：工具只报告可疑项，由人决定召回台账还是改写正文。自动"修正"数字等于制造新的不可追溯。

兼容性

- 本仓库是标准 Skill 目录：SKILL.md + YAML frontmatter（name、description），可被任何遵循该约定的 agent 读取。
- 主要在 DeepSeek Harness 上开发与验证；Codex 作为可读技能的 agent 同步可用（install.ps1 -Codex / install.sh --codex 会把它链接到 ~/.codex/skills）。

豆包电脑版怎么接入

它装不了 Skill，也不能自己调用它——没有插件目录、读不到本地文件、执行不了脚本。豆包以"接收文本"的方式参与，两种强度：

人工（默认，零配置）

1. 一次性设定：把 integrations/doubao.md 里那段常驻纪律，粘进豆包的「自定义指令 / 智能体 / 角色设定」（有就设，没有就每次开新对话时先发一次）。
2. 每次任务：跑 make_brief.py --to doubao 生成包，整份复制进豆包。
3. 收回来：贴回给 DSH 落盘并跑 claim_check.py 核查数字。

全自动（需要 Ark API Key）

$env:ARK_API_KEY="..."; $env:ARK_MODEL="doubao-pro-32k"bash
python scripts/make_brief.py --project . --stage G5 --to doubao --section 3.2 --via api

此时 DSH 直接把常驻纪律当 system prompt、把包当 user message 发给豆包模型，结果落盘到 05_draft/ 并提示核查。等于「豆包用上了这个技能」。

详见 integrations/doubao.md。

English summary

一个 DeepSeek Harness 技能，把三个互不共享记忆的 AI 工具编排成一条可追溯的研究流水线：Codex 决定研究路线与大纲，DeepSeek Harness 执行研究（代码、数据、统计、图表）并核验每个数字，Doubao 决定论文该主张什么，并撰写中文正文。

协作只通过文件发生：一个 shared/ 文件夹（路线文件只允许 Codex 写入，靠 sha256 锚点强制，而不是靠操作系统权限——后者无法区分以同一用户身份运行的智能体），以及一个只追加的 chat.md，记录提案、进展、阻塞与裁定。一份主张台账加上 claim_check.py，挡住 AI 辅助学术写作中最常见的失败模式——数字漂移，或假设被悄悄升级为结论。

无依赖。Python 3.8+。支持 Windows、macOS、Linux。

License

MIT