fsrmqi/dsh-research-kit

DSH Research Kit

License: MIT
CI
DSH Plugin
Node: >=22.6
Listed on DSH Hub

简体中文 · English

面向 DeepSeek Harness 的科研工作台与跨宿主 MCP 工具集：349 条人工审核的工作流、109 个技能条目、129 个科学数据源，以及 32 个研究工具。

在 DSH 中，它把反复执行的科研任务变成参数化、可编辑、发送前可见的提示词；通过独立 stdio MCP Server，它也可向 Codex、Claude Code、Zed 等宿主提供文献检索、证据管理、研究运行与审阅工具。所有研究判断仍需研究者核验。

前置：什么是 DSH

本项目是 DeepSeek Harness（命令行缩写 dsh）的插件。DSH 是 DeepSeek 开源的本地 Agent 工作系统，核心设计理念是「一切皆插件」（Everything is a Plugin）——模型、工具、界面、存储都由可替换的插件组成。

DSH 工作台需要 DSH；MCP Server 可独立接入兼容宿主。 项目不自带模型或 API Key；DSH 侧复用当前会话能力，MCP 侧以本地 stdio 服务运行。

| 需要什么 | 去哪拿 |
| --- | --- |
| DSH 本体 | deepseek-ai/deepseek-harness · 官方站点 |
| 插件生态 | GitHub topic: dsh-plugin |
| Node.js | >= 22.6 |

DSH 目前处于 Developer Preview，官方明示会快速迭代、可能出现破坏性变更。本插件依赖的 conversation.view 槽位与 inputActions 契约随 DSH 版本演进——升级 DSH 后请按手工验收清单复验。

它解决什么问题

通用聊天输入适合临时提问，但不适合反复执行有明确步骤、材料要求与质量边界的科研任务。审稿、写引言、做综述、设计分析计划这类任务需要四件事：

1. 明确的输入材料与输出范围；
2. 可复查的执行步骤，而不是一句笼统指令；
3. 发送前让研究者看见、编辑并确认任务说明；
4. 对「不编造文献 / 数据 / 结论」的硬约束。

Research Kit 把这四点做成可复用的资产。

它怎么工作

科研能力目录（587 项）
→ 选择工作流
→ 填写参数、用 @文件 引用材料
→ 预览并编辑最终 Prompt
→ 写入输入框 或 发送到当前会话
→ 由当前 DSH 会话的 Agent 与其已配置工具执行

dsh-research-kit 全局架构：插件只做 Prompt 组装，执行全部交回 DSH 宿主

关键设计取舍：

- 不持有模型密钥。DSH 侧复用当前会话模型路由，MCP 侧不选择或托管模型；
- 不重造文件上传。材料引用走 DSH 原生 @文件；
- 不假装已检索。数据源条目如实标注接入前提，未接通时明确回退到 Agent/MCP。

能力一览

🧪 349 条人工审核的科研工作流
覆盖论文与手稿、文献研究、数据分析、基因组学、临床研究、神经科学、生态学、天文与空间科学等 28 个流程族（按分类分片维护于 catalog/workflows/）。每条都是参数化、可编辑的 Prompt 模板，内置防编造边界（不得虚构引用、数据、页码、作者意图）与「需人工核验」定位。

🧩 109 个技能条目：46 个指导模块 + 63 个能力目录
指导模块以提示词指导方式生效——科学写作、统计审查、引用核验、证据综合、可重复性检查、评审伦理与保密、数据完整性守护、不确定性表达，以及实验设计、假设生成、科学头脑风暴、科学批判性思维、样本量与统计功效、系统文献综述、科研图表、不确定度与单位、临床报告草案、投稿规范核验、同行评审意见、基金申请书撰写等方法模块，另有农业试验设计、作物基因组与育种证据、生信流程治理三个领域模块，勾选后并入工作流提示词；能力目录以「需宿主能力」状态如实收录 bulk RNA-seq、Nextflow、Benchling/DNAnexus 集成、文献 API 检索、docx/pdf 产出等依赖执行侧的技能——写明所需工具链、凭据与数据外发边界，附使用前提核验清单，不注入提示词、不代为执行。

🔬 129 个科学数据源，其中 11 个支持插件直查
文献、临床、遗传、组学、蛋白/化学，以及天文空间、生物多样性、气候环境、地理空间。公开 API 可直查并返回带链接与稳定标识符的候选记录；限流、需授权或需专业参数的来源会明确回退到 DSH Agent/MCP。

✍️ 发送前完整可见、可编辑
参数替换实时生成 Prompt 预览；手动编辑后参数变更不会静默改写正文，并提供「恢复自动生成」。必填参数缺失时不发送。

🧭 一个视图，四个分区
只有一个 conversation.view 标签，内部按科研闭环分区，顶部导航常驻并显示每个分区的定位与职责边界：

| 分区 | 层 | 作用 |
| --- | --- | --- |
| 资源与工作流 | 发现 | 目录检索、参数化组装、公开数据源直查 |
| 方法工坊 | 构造 | 方法卡 + 变量填充 → 可编辑 Prompt；可从当前对话提取草稿 |
| 研究资产库 | 沉淀 | 灵感资产增删改、版本对比、验证状态跟进，可与证据条目显式互链；证据库子模块逐条保存公开来源的元数据与笔记，按项目隔离去重，并反查「被引用于哪些资产」 |
| 研究证据图谱 | 证据 | 把本会话的资源、工作流、查询来源、资产、已保存证据与自动沉淀知识连成可追溯关系；支持缩放平移、迷你地图、聚焦/上下游/两点路径模式、结论追溯面板与脱敏快照导出；可开启「自动沉淀」随科研对话积累 |

科研闭环的四个分区：发现 → 构造 → 沉淀 → 证据

⏱ 组装回放：把 Prompt 是怎么拼出来的放给你看
启动工作流后，工作台把 composeWorkflow 的真实组装事实逐段回放——工作流 → 参数 → 附加技能 → 数据源边界 → 人工核验；每一段都能在生成的 Prompt 文本中定位到对应锚点，回放与正文互相印证。详情栏内嵌紧凑回放，「弹出回放窗口」打开独立的 archify 交互 viewer（四种视觉预设、章节叙事、语义透镜、雷达总览）。回放只呈现已经发生的组装动作，不预测执行结果，也不代表 Agent 已执行任何工具；prefers-reduced-motion 时降级为静态。

更多能力（点击展开）

- 科研模式任务预设 — 一键选择：通用研究、文献与论文、生物信息学、作物遗传育种、临床与人群研究、数据分析与可视化。每项会附加相应的技能组合与研究纪律（例如流程版本与质控留痕、农业试验和 G×E 边界、隐私与偏倚、统计前提与图表可解释性）；预设只是"指导组合"，不会自动执行任何工具。
- 输入框快捷入口 — 工具行的「资源 / 工作流程」按钮打开弹层选择器，无需离开当前聊天；选择工作流后经预览弹窗写入草稿，从不自动发送。
- 草稿增强器 — 输入框右侧一键增强：轻量档（零 Token 结构化整理）与语义档（复用当前会话模型、流式上屏、五维诊断、可取消），强度三档；增强后可撤销、可对比原稿。选中文本时只替换选区，异步期间草稿变动则拒绝写入；含 @ 引用 chip 的选区因坐标不一致会提示改用整稿增强。语义档可勾选「项目记忆」检索宿主接入的 Memory Center MCP（检索 → 来源预览 → 用户勾选 → 组装，默认关闭、禁止静默注入）。
- 宿主能力探测 — 数据源详情展示一行部署级事实：装配了 Web / Shell / 文件系统 / 模型路由中的哪些，以及实际连接了哪些 MCP 服务器（从工具注册表解析，有界截断）。只陈述事实，不推断某数据库可用，不改写目录标注。
- 手动沉淀伴生钮 — 输入框旁、贴靠对话增强器按钮的小圆钮：不开自动沉淀也能一键把当前会话最近一条助手回答提取入库（同一提取链路、待核验起步），结果以临时状态条反馈。
- 逐条审阅沉淀 — 每条已完成的助手回答旁可打开预览，按知识节点和引用来源逐项勾选，确认后才写入图谱、证据库及灵感资产；取消不写入，所有新内容仍以待核验起步。
- 研究工具执行态 — DSH 工具卡显示准备中的参数摘要、执行中状态与失败原因；完成后展示 DOI、来源、已记录等级和建议等级。
- 安全草稿插入 — 支持新版 DSH captureInsertion() / insertText() 契约的异步结果会插入光标处，并校验草稿修订；宿主不支持时才回落到整草稿写入。草稿已被用户改过时，插件会提示手动粘贴，而不是覆盖新内容。
- 插件页运行状态 — Plugins 页的 Research Kit 详情下展示 Web / Shell / FS / LLM 装配事实、实际连接的 MCP 服务器与直查适配器数量。它只报告部署事实，不会把某条数据源改标为已验证可用。
- 即时查询配置 — memoryServer、memoryTimeoutMs、databaseTimeoutMs、databaseRequestsPerMinute 和 allowAgentFallback 是 volatile Config 字段，可在插件页修改并在下一次请求生效；默认值分别对应 Memory Center、15 秒、15 秒、每分钟 12 次和允许 Agent 回退。
- 收藏与使用历史 — 列表条目一键星标；成功写入/发送/复制自动记入历史（本地仅存 ID、名称、首行摘要与时间，最多 20 条）。
- 研究证据库 — 公开数据源查询结果可逐条「保存到证据库」，条目带稳定标识符（DOI / PMID / NCT / arXiv）与来源链接，默认「未核验」；按项目隔离去重，可导出 / 导入 JSON 与彻底删除。只保存来源元数据与你写下的笔记，不保存全文与检索词；默认不自动入库。显式开启自动沉淀或手动确认逐条沉淀后，助手回答引用的来源才会以「未核验」状态入库。证据库还提供「一键用 Agent 判断」：默认只处理未人工评估条目，可勾选包含人工处理过的条目重新取得当前会话模型的最新初判；Agent 判断与人工评估分开保存并保留历史，不会自动推进核验状态。该按钮只把标题、链接、标识符、保存原因和笔记发送给模型，不读取来源全文，结果必须人工核验。**
- 研究证据图谱 — 把本会话的资源、工作流、查询来源、灵感资产与已保存证据连成可追溯关系；证据节点只带来源库 / 稳定标识符 / 核验状态，不展示笔记或检索词；箭头表示关系方向，逆向关系按两端实际位置取锚点而非固定「左进右出」。确定性分层布局，支持 Ctrl / ⌘ 滚轮缩放、拖拽平移与复位，迷你地图快速跳转，聚焦 / 上游 / 下游 / 两点路径四种范围模式；可复制只含视图状态的链接，可导出脱敏 SVG / HTML 快照（导出前明确提示元数据范围）。
- 自动沉淀（默认关闭） — 在图谱页显式开启后，每条助手回答完成时在本地提取研究问题、实体（基因/蛋白/性状/物种…）、发现、假设、方法与引用来源（中英文句式均支持），并生成关系（如「基因 → 可能影响 → 性状 ←研究对象— 物种」）；发现/假设/问题/方法进入灵感资产（待验证），引用来源进入证据库（未核验、带标签），知识与关系进入图谱并保留来源消息摘录；相同内容自动合并，冲突结论并列保留；全部以「待核验」起步、可逐条人工核验，点击图谱中的结论节点即可回看支持证据与聊天摘录；关闭后已保存内容全部保留。不开开关时也可在图谱页点「沉淀最近回答」，手动把当前会话最近一条助手回答提取入库。知识沉淀带 project 字段，图谱支持按项目与「本会话 / 持久沉淀」筛选节点，并可导出 / 恢复 JSON 备份。
- 自动多标签与主题分组 — 新沉淀的灵感资产和引用证据会按本地受控词表写入内容类型、可并存的研究主题及来源类型标签；两个库默认按首个匹配主题分组，可切回平铺列表并搜索主题标签。旧条目在列表中即时推导主题，不批量改写原有数据或人工标签；未命中的条目归入「待归类」。分类只帮助整理，不代表事实核验，标签仍可人工编辑。
- 研究结果解释图 — 目录内置「研究结果解释图生成」工作流：把研究结果整理成 diagram IR，再由 scripts/render-diagrams.mjs --html 确定性产出单文件交互 HTML（可直接分享、离线打开），--from-files 可从会话产出文件生成 IR 脚手架；scripts/validate-diagrams.mjs 提供机器可读的规则诊断并已进入 npm run check（仓库内不预置 IR 文件，该校验在产出 / 审阅 IR 时生效）。
- 资产-证据互链 — 灵感资产卡可展开「关联证据」：按同项目、共同标签与自动沉淀的知识链推导候选，勾选确认后才建立（绝不自动建边）；证据条目反查「被引用于」哪些资产；图谱画出「资产 → 支撑证据」边（随「持久沉淀」范围收敛，端点删除自然剔除）。关联关系暂不进 JSON 备份（导出时如实提示）。
- 多种 Prompt 出口 — 写入输入框、发送到会话之外，还有「复制 Prompt」兜底：宿主动作缺失时也能把提示词带去任意会话。
- 启动前必填校验 — 预览弹窗内字段级错误提示（红框 + 说明）；缺失必填项不会写入草稿。
- 资源选择可管理 — 弹层底部实时显示已选资源 chip，可单个移除或清空。
- 手动编辑保护 — 手动编辑后变更参数/技能会提示不会自动合并；筛选后详情始终属于当前结果集。
- 宿主动作降级 — setDraft/submit 缺失时按钮禁用、灰化并说明原因，视图不崩溃。
- MCP 工具集与 Agent 活动面板 — 插件同时提供 MCP Server：32 个 research_ 工具（文献检索与核验、证据盘点与人工评估、多面板图表生成、声明/异常/写作审阅、AI 披露生成、运行状态与检查点审批），宿主 Agent 可直接调用而无需经过 UI；Agent 活动面板展示调用轨迹并在 checkpoint 处等待人工确认，研究运行护照支持导入/导出以跨会话恢复。完整工具清单与接入方式见 MCP Server 跨平台配置指南。

深色主题与窄屏 — 跟随系统与 DSH 主题切换；880px 以下单列布局；原生 aria- 与焦点环。

安装

要求 Node >= 22.6，以及提供 conversation.view / conversation.input.left / conversation.input.overlay / conversation.input.right 四个槽位的 DSH Web profile（依次为：统一视图、输入框左侧入口、浮层选择器、输入框右侧草稿增强器）。

本地目录（当前推荐，尚未发布到 npm）

git clone https://github.com/fsrmqi/dsh-research-kit.git
dsh plugin --profile web add ./dsh-research-kit

GitHub（钉 commit，可复现安装）

dsh plugin --profile web add github:fsrmqi/dsh-research-kit#

tarball（离线 / 审计）

npm pack && dsh plugin --profile web add ./dsh-research-kit-0.2.0.tgz

构建产物 ui/client.js、ui/catalog-data.json 与 ui/promptkit.js 已提交到仓库——克隆后即可安装，无需本地构建。

安装后刷新浏览器，在会话中打开「科研工作台」，或使用输入框旁的「资源 / 工作流程」入口。卸载或关闭视图不会残留重复注册。

常见坑：dsh plugin 会调用 PATH 上的 pnpm，其 store 布局主版本必须与目标 profile 记录一致，否则会以 ERR_PNPM_UNEXPECTED_STORE 失败。对照方式见手工验收清单 §1。

使用

有两条入口，通往同一套目录资产。

方式一：科研工作台统一视图

1. 在会话中打开「科研工作台」，默认落在「资源与工作流」，搜索或按类型筛选 587 项资源；
2. 选择工作流，查看目的、所需材料与使用限制；
3. 填写参数；需要材料的工作流请先在 DSH 输入框用 @文件 引用文件；
4. 按需勾选「附加技能指导」，预览实时更新；详情栏可展开组装回放，逐段核对 Prompt 是怎么拼出来的；
5. 点「写入输入框」保留再次编辑的机会，或「发送到当前会话」直接执行。

方式二：输入框快捷入口

1. 在输入框工具行点击「工作流程」或「资源」，在输入卡片上方的弹层中操作；
2. 「工作流程」面板：按场景筛选并选择流程，在预览弹窗中填写参数、检查 Prompt，点「使用工作流程」写入草稿；
3. 「资源」面板：在全部/数据库/技能之间勾选，勾选的技能作为附加指导、数据库作为研究提示并入之后启动的工作流；
4. 写入后用 DSH 原生回形针或 @文件 补充材料，再自行发送——快捷入口只写草稿，从不自动发送。

真实发送由 DSH 完成；本插件不创建模型路由、不保存密钥、不读取文件内容。

目录内容
工作流按流程族分片维护于 catalog/workflows/（每分类一个 JSON 分片，由 index.js 按固定顺序聚合）：

| 分类（分片） | 条数 |
| --- | --- |
| 论文与手稿（paper-manuscript） | 17 |
| 文献研究（literature） | 16 |
| 数据分析（data-analysis） | 18 |
| 研究设计（research-design） | 5 |
| 生物信息学（bioinformatics） | 18 |
| 基因组学（genomics） | 14 |
| 临床研究（clinical） | 19 |
| 作物遗传育种（crop-breeding） | 8 |
| 可视化与图表（visual） | 13 |
| 科研传播（science-communication） | 10 |
| 基金申请（grants） | 10 |
| 蛋白组与结构生物学（proteomics） | 13 |
| 细胞生物学（cell-biology） | 9 |
| 化学（chemistry） | 18 |
| 药物发现（drug-discovery） | 15 |
| 材料科学（materials） | 12 |
| 神经科学（neuroscience） | 12 |
| 生态学（ecology） | 14 |
| 物理学（physics） | 14 |
| 天文与空间科学（astronomy） | 11 |
| 社会科学（social-science） | 12 |
| 数学（mathematics） | 12 |
| 机器学习（machine-learning） | 15 |
| 工程学（engineering） | 12 |
| 高级工作流（advanced） | 9 |
| 深度研究（deep-research） | 7 |
| 论文写作（paper-writing） | 11 |
| 投稿规范（submission） | 5 |

另有 109 项技能（catalog/skills/：core 43 / crop-breeding 2 / bioinformatics 1 / host-capabilities 63）与 129 个数据源条目（catalog/resources/：chinese-academic 7 / crop-breeding 7 / literature 19 / genomics 8 / omics 7 / general-science 81）。完整定义见 catalog/，数据契约见架构文档 §4。

隐私与安全

| 访问 | 用途 | 说明 |
| --- | --- | --- |
| 当前会话输入框 | 仅在点击「写入/发送」时写入或提交最终 Prompt | 不拦截 Enter，不自动发送，不改动其他会话历史 |
| @文件 引用 | 只提示你使用 DSH 原生提及 | 不读取、不上传、不解析文件内容 |
| 浏览器本地 | 收藏、使用历史、方法卡与灵感资产（localStorage） | 不存参数值、完整 Prompt、文件内容；清除浏览器数据即清空 |
| 浏览器 IndexedDB | 证据库条目：来源元数据与你主动写下的笔记 | 仅在你逐条确认保存后写入；不保存全文、检索词与原始响应；按项目隔离，可导出 / 导入 / 彻底删除。证据图谱只展示其中的来源库 / 标识符 / 核验状态，不展示笔记 |
| 当前页面内存 | 本会话证据索引（已启动工作流、直查来源摘要） | 仅供工作台各分区实时形成证据图谱；刷新或关闭页面即清空，不保存检索词、原始文件或完整结果 |
| 网络 | 公开数据源直查（仅在你主动触发时） | 出网经 DSH 受控 web 服务；插件不持有任何 API Key |

零遥测。 不上传使用统计，不采集数据。所有工作流产出一律标注为需人工核验的草案，不替代研究者、审稿人或伦理审批。

安全边界与漏洞上报方式见 SECURITY.md。

数据库查询

数据源详情页可直接查询首批公开来源：PubMed、Crossref、OpenAlex、Semantic Scholar、Europe PMC、ClinicalTrials.gov、openFDA、UniProt、PubChem、GBIF、iNaturalist——这 11 个来源在目录里标记为 available-in-plugin，详情页状态显示「插件可直接查询」。候选结果显示来源链接与稳定标识符，可写入输入框，或显式点击「让 Agent 核验并继续查询」——该按钮会调用当前 DSH 会话的 Agent，由它使用自己已拥有的 Web / MCP / 文件工具完成多步检索。

其余 118 个数据源标记为 requires-mcp 或 reference-only，会清楚提示所需的 MCP、订阅、API Key 或数据使用协议，并提供同一受控 Agent 回退。目录标注与查询实现由 npm run check 双向校验（有适配器就必须标出来，标了就必须有适配器），因此界面上的能力状态不会与实现漂移。插件不会伪造任何检索结果。

四档标注各自的界面行为与保证机制：

数据源可用性的四档标注：从插件直查到尚未实现的宿主声明

兼容性与状态

当前版本 0.2.0（尚未发布到 npm）。开发状态与下一步计划见 ROADMAP.md。

已通过的验证：目录契约校验（587 项、587 唯一 ID，分片与聚合入口逐条一致）、378 项回归测试（47 个测试文件，含 6 项宿主动作缺失的渲染级降级断言）、真实 DSH Web profile 上的两轮启动烟测（快线 F1–F4、发布门槛 R1、观测项 O1–O3 全部通过），以及证据库写入 Prompt（W1–W3：勾选后按钮可用、未选择时不注入、写入不自动发送且条数一致）与证据图谱接入已保存证据（G1–G4：证据节点只带来源库 / 稳定标识符 / 核验状态，与同库资源连成关系，箭头按实际方向选锚点）的现场验收。

真实 profile 验收无法被单元测试替代——test/dsh-slots.test.js 虽然执行真实构建产物，但 slots 服务是模拟的。因此升级 DSH 后必须重跑手工验收清单。

开发

npm run build   # 生成 ui/client.js、catalog-data.json 与 promptkit.js（提交产物，勿手改）
npm run check   # 目录契约校验 + 语法检查
npm test        # 纯逻辑、契约与渲染级回归测试（378 项 / 47 个测试文件）
npm run test:browser  # 真实 Chromium 交互回归（首次需 npx playwright install chromium）

改动 catalog/、src/ 或 dsh/ 后统一执行 npm run build && npm run check && npm test；CI 会校验构建产物与源码同步（构建后有 diff 即失败）。

文档

| 文档 | 内容 |
| --- | --- |
| docs/README.md | 文档索引与推荐阅读顺序 |
| 论文工作手册 | 从选题、检索到投稿的完整走法：九阶段、三条查询路径、投稿包清单、MCP 操作链 |
| MCP Server 接入指南 | 把 32 个 research_* 工具接进 Codex / Claude Code / Zed / DSH，含按任务组织的最短路径与参数示例 |
| 架构与数据契约 | 模块职责、数据流、DSH 宿主边界、目录 schema |
| 开发指南 | 本地启动、实现顺序、测试策略、交付检查单 |
| 手工验收清单 | 为什么不能用单测替代、逐项验收步骤、失败定位树 |
| 方法工坊嵌入设计 | vendored 工件治理、命名空间纪律、构建器集成规则 |
| 范围与边界 | 要解决的问题、产品边界、质量与安全原则 |

参与贡献

欢迎 Issue 与 PR——见 CONTRIBUTING.md。新增工作流只需在 catalog/workflows/.json 分片中按现有条目结构添加 JSON 对象并运行 npm run check && npm test；契约校验器会强制检查占位符一致性与防编造边界，并断言分片与聚合入口逐条一致。

许可证

MIT。

随仓库分发的 vendored 工件的第三方归属与许可证声明见 NOTICE。